Кампании убийств в Каунасском гетто возобновились 26 марта 1944 года. В тот день состоялась чрезвычайно жестокая кампания по изъятию детей под руководством оберфюрера Вильгельма Фукса и обершарфюрера Бруно Киттеля. Эсэсовцы и украинские полицейские ворвались в гетто, ходили от дома к дому, отбирали детей у их матерей и бросали их в грузовики. Протестовавших матерей избивали прикладами автоматов и натравливали на них собак. За два дня в гетто собрали около 1700 детей и пожилых людей. Кроме того, были арестованы 130 полицейских гетто. На следующий день (27 марта 1944 г.) задержанные (включая 34 полицейских-еврея) были расстреляны в форте IX.
Поскольку линия фронта приближалась к Каунасу, нацисты решили окончательно ликвидировать еврейские концентрационные лагеря. Ликвидация Каунасского гетто началась 8 июля 1944 года с депортации около 1200 человек на баржах и депортации еще 900 10 июля поездом. 12 июля гестапо начало поджигать здания гетто. Людей расстреливали, когда они выбегали из горящих зданий. Сотни людей погибли в огне или от пуль. Почти все здания и мастерские гетто были сожжены дотла. Около 6000-7000 человек были депортированы из Каунасского гетто. Во время его ликвидации погибло около 1000 человек и было спасено около 300-400 евреев.
Мужчины из Каунасского гетто были депортированы в концентрационный лагерь Дахау, а женщины — в Штуттгоф. Привезенные в Дахау каунасские евреи построили подземный авиационный завод и работали на других работах. Несколько заключенных умирали от истощения каждый день. Особенно высокая смертность была зарегистрирована в октябре и ноябре 1944 года. Эльчанан Элкес, бывший председатель Совета старейшин Каунасского гетто, также умер в Дахау. В конце войны узники концлагеря Дахау были освобождены американскими войсками. Среди выживших было около 1000 литовских евреев.
Женщины и дети из Каунасского гетто были первоначально депортированы в Штуттгоф. 19 июля 1944 года в концентрационном лагере находилось 1208 женщин и детей. 26 июля 1893 еврея из Каунасского и Шяуляйского гетто (801 женщина, 546 девочек и 546 мальчиков) были перевезены в концентрационный лагерь Освенцим. Очень немногим из них удалось дожить до освобождения. Говорят, что только около 8% из 30 000 узников Каунасского гетто дожили до конца войны (около 2400 человек).
До октября 1943 года Шяуляйское гетто находилось под контролем Шяуляйского окружного комиссара Ханса Гевеке; с 1 октября гетто перешло под контроль СС. Гетто превратилось в концентрационный лагерь. SS-Hauptscharfuhrer Hermann Schlaff (Schleef?) был назначен его начальником. После массовых убийств летом и осенью 1941 года в Шяуляйском гетто наступил относительно стабильный период. Только 5 ноября 1943 года в Шяуляйском гетто была проведена кампания отбора детей и менее трудоспособных евреев. SS-Hauptsturmfuhrer Ludwig (Albert?) Ферстер руководил кампанией. В этот день солдаты СС и власовцы из Каунаса расстреляли людей в гетто и отправили 570 детей и 260 пожилых евреев в концентрационные лагеря в Германии (предположительно, в Освенцим). Члены Еврейского совета Берл Картун и Аарон Кац добровольно ушли вместе с задержанными.
15 июля 1944 года началась ликвидация Шяуляйского гетто. Около 2000 евреев из Шяуляя были отправлены в концентрационный лагерь Штуттгоф. Оттуда мужчин перевели в Дахау, а женщин и детей — в Освенцим. Американские войска освободили выживших Шяуляйских евреев из концентрационного лагеря Дахау 2 мая 1945 года. Только 350-500 евреев из Шяуляя дожили до конца войны.
Немецкая полиция безопасности и структуры СД попытались уничтожить все следы массовых убийств. В конце 1943 года специальные команды по сжиганию трупов (состоящие из приговоренных к смертной казни) начали свою работу в Каунасском форте IX и Панериае. Информация об этих людях была засекречена в документах, и они фигурируют как компании 1005 A и 1005 B. Сожжение останков жертв в форте IX продолжалось до конца нацистской оккупации. После того, как трупы были сожжены, землю вспахали и засадили картофелем. В ночь на 25 декабря 1943 года из форта IX сбежали 64 человека, которые сжигали трупы (27 из них выжили). 15 апреля 1944 года из Панериая сбежали 13 человек, которые сжигали трупы. После войны они рассказали о преступлениях, совершенных нацистами. Согласно показаниям тех, кому удалось скрыться, в период с декабря 1943 года по 15 апреля 1944 года в Панериае в 19 огромных кострах (высотой до 4,5 м) было сожжено от 56 000 до 68 000 останков жертв.