Когда массовые убийства жителей гетто были прекращены, евреи активизировали свою культурную деятельность в 1942 году, и это можно назвать их культурным сопротивлением. Культурная, религиозная и общественная деятельность перед лицом массовых убийств помогла евреям сохранить свою духовную стойкость и мобилизовать общество. В гетто были созданы специальные комитеты, отвечавшие за вопросы культуры. В Каунасском гетто врач Нахман Шапира возглавлял этот комитет. Герман Крук, общественный активист, заведовал библиотекой Вильнюсского гетто. Были открыты библиотеки, школы и детские сады. В Вильнюсском гетто также была открыта ешива, еврейская теологическая семинария. Там читались лекции по литературе, культуре и философии. В Вильнюсе было около двадцати таких центров общественной жизни. Особенно известным был театр Вильнюсского гетто, где ставились произведения мировой классики и пьесы еврейских драматургов, а также концерты. Театр продолжал функционировать до тех пор, пока все актеры не погибли или не были отправлены в концентрационные лагеря.
В Вильнюсском и Каунасском гетто культурное сопротивление было довольно активным. Художественные выставки, литературные конкурсы, концерты, публичные дебаты и многие другие формы социальной активности помогали поддерживать дух людей и не сломаться. Однако еврейская культура в Литве к тому времени уже была, по существу, уничтожена.
Ликвидация гетто Апрель 1943 — июль 1944
Относительно стабильный период существования гетто закончился весной 1943 года. В феврале того же года нацистская администрация решила начать ликвидацию гетто. Впервые это было сделано в Свиряйском и Ашменском районах, присоединенных к общему региону Литвы. В этот период советская партизанская деятельность в восточной части Вильнюсского уезда значительно усилилась. Некоторые евреи, бежавшие из гетто, присоединились к советским партизанским отрядам. Это побудило нацистскую администрацию начать ликвидацию гетто и трудовых лагерей в Вильнюсском уезде. Сначала, в марте 1943 года, были ликвидированы гетто в Швенчионисе, Микаилишкесе, Ашмене и Салосе. Около 3000 обитателей этих гетто были переведены в Вильнюсское гетто, в то время как другим сказали, что они будут перевезены в Каунасское гетто. Однако 5 апреля поезд с литовскими евреями из городов восточной Литвы остановился в Панеряй. Здесь евреев согнали с поезда и расстреляли в Панериайском лесу. Солдаты 1-го Литовского полицейского батальона принимали участие в расстреле евреев. Было убито около 5000 евреев. Лишь немногим удалось бежать и вернуться в вильнюсское гетто. В начале июля 1943 года еврейские трудовые лагеря в Кене и Бездонисе находившиеся под властью Вильнюса гетто были уничтожены. Солдаты немецкого гестапо и литовские полицейские расстреляли около 500-600 евреев, работавших в этих лагерях. Около 600-700 евреев из трудовых лагерей Балтойи Воке и Рише были переведены в Вильнюсское гетто или скрывались.
21 июня 1943 года Гиммлер приказал ликвидировать все гетто на территории Остланда. Трудоспособные евреи должны были быть отправлены в концентрационные лагеря, контролируемые СС. Каунасское и Шяуляйское гетто были преобразованы в концентрационные лагеря.
23-24 сентября 1943 года Вильнюсское гетто было ликвидировано. Документы немецкой полиции безопасности и СД показывают, что до уничтожения Вильнюсского гетто в Вильнюсском районе насчитывалось 24 108 еврейских заключенных. Жители гетто были разделены на две группы: трудоспособные мужчины и женщины (около 11 000) были отправлены в концентрационные лагеря в Эстонии (Клуга и Вайвара) и Латвии (Кайзервальд), а старики, женщины и дети (около 3500) были доставлены в нацистский концентрационный лагерь Освенцим для уничтожения. После ликвидации Вильнюсского гетто 2382 еврея остались работать на Вильнюсском заводе «Кайлис» и армейских авторемонтных мастерских на улице Субачюса. Еще 1720 евреев остались в сельской местности. Только 2000-3000 из более чем 50 000 вильнюсских евреев пережили нацистскую оккупацию. Около трети оставшихся евреев бежали из гетто; большинство из них присоединились к советским партизанам.