После окончания первого этапа физического уничтожения евреев последовала ликвидация их культурного наследия. 27 января 1942 года Совет по образованию распорядился как можно быстрее изъять из библиотек все книги еврейских авторов, все публикации, выпущенные между 1940 и 1941 годами, а также книги Эриха Марии Ремарка, Теодора Драйзера и других авторов, получивших негативную оценку. Еврейские публикации, так же как и советская пропагандистская литература, должны были передаваться в так называемый штаб Розенберга, которому была поручена «борьба с посторонними иностранными влияниями». Во время нацистской оккупации библиотеки потеряли полмиллиона изданий, уникальные еврейские библиотеки (Страшун, Институт еврейских исследований и др.) были закрыты и уничтожены.
Еврейские гетто в тот период Декабрь 1941 — март 1943
Этот период условно можно назвать периодом стабилизации. Массовых убийств евреев тогда не было. Нацисты пытались максимально использовать еврейскую рабочую силу на благо военной экономики Германии. Почти все мужчины и женщины трудоспособного возраста выполняли разнообразную работу в мастерских гетто, на различных фабриках, предприятиях и в специальных еврейских трудовых лагерях. В феврале 1943 года около 9600 евреев Каунасского гетто ежедневно работали на 140 рабочих местах. В мастерских гетто работало 1400 мужчин и женщин. Из-за тяжелой работы, нехватки еды и плохого медицинского обслуживания в Каунасском гетто каждую неделю умирало около 50 человек.
В сентябре 1943 года, когда СС взяли под контроль Каунасское гетто, количество рабочих бригад было сокращено с 93 до 44. Планировалось создать восемь концентрационных лагерей: 2500 евреев в Алексотасских казармах, 1200 в Ежереляй, 1200 в Шанчяйских артиллерийских казармах, 600 в армейском автопарке в Петрашюнай, 500 в Палемонасе, 500 на Каунасском резиновом заводе, 400 в Мариямполе, 400 в Кайшядорисе и 2000 евреев в Каунасском гетто.
Руководители гетто придерживались мнения, что до тех пор, пока евреи были экономически выгодны нацистам, они не будут ликвидировать гетто, поэтому администрация гетто пыталась нанимать все больше еврейских рабочих и повышать их производительность. Например, летом 1943 года около 14 000 евреев Вильнюсского гетто (две трети от общего числа жителей гетто) работали на различных предприятиях и в еврейских трудовых лагерях. В апреле 1943 года командующий немецкой полицией безопасности и СД в Литве проинформировал РСХА, что в генеральном округе Литвы насчитывалось 44 584 еврея, в Вильнюсском гетто — 23 950, в Каунасском — 15 875 и в Шяуляйском гетто — 4759. Около 30 000 евреев выполняли работу, необходимую для немецкой армии.
Еврейское сопротивление
Не все литовские евреи покорно подчинились смерти, некоторые прилагали все усилия, чтобы попытаться противостоять нацистскому «окончательному решению». 31 декабря 1941 года еврейский писатель и поэт Абба Ковнер опубликовал манифест в Вильнюсском гетто, в котором он написал: «Гитлер планирует уничтожить всех евреев Европы, и евреи Литвы были выбраны в качестве первых жертв. Давайте не позволим вести нас, как овец на бойню! [...] Восстаньте! Сражайтесь до последнего вздоха!» После осуждения массового убийства евреев было решено, что единственный способ ответить — восстание. 21 января 1942 года в Вильнюсском гетто была создана Объединенная партизанская организация (Fareinikte Partisaner Organizatsie, FPO). В нее входили члены коммунистических и сионистских организаций. Лидер сионистской организации «Бейтар» (Национальная гвардия) Джозеф Глазман выдвинул идею создания FPO. FPO объединила евреев, разделявших разные взгляды. Во время ликвидации гетто, 23 сентября 1943 года, около 150 членов JPO сумели сбежать из окруженного гетто по канализационным каналам и достигли Руднинкайского леса.
Тайные группы, действовавшие в Каунасском гетто, сформировали единую организацию сопротивления — Организацию Антифашистской борьбы (АКО). У этой организации было собственное радио, она записывала услышанные новости, выпускала информационные бюллетени и проводила диверсии и акты саботажа. В 1943 году АКО начала посылать своих людей в советские партизанские отряды. В общей сложности около 250 бойцов Каунасского гетто были отправлены на советские партизанские базы. Сотни, присоединившихся к советским партизанам, смогли избежать смерти и отомстить за уничтожение еврейской нации.