Наконец все было готово к отплытию, и 10 августа «Морская свинка» в сопровождении двух кораблей — «Бриджуотер» и «Катон» — покинула Сидней. «Бриджуотер» и «Катон», принадлежавшие Ост-Индской компании, направлялись в Индию. Их капитаны хотели проверить новый путь туда через Торресов пролив.
Корабли взяли курс на северо-запад. В первый день они шли медленно, но затем подул благоприятный ветер, и скорость увеличилась до 100 миль в день. В течение пятого дня плавания корабли покрыли даже 160 миль. К концу седьмого дня они оставили за собой 745 миль морского пространства. Все шло прекрасно. Но восьмой день стал одним из самых страшных дней в жизни Флиндерса. Двенадцать лет он провел в плаваниях, попадал в труднейшие ситуации; но всегда выходил из них благополучно. И вот теперь, когда Флиндерс возвращался в Англию, уже многого добившись и надеясь в ближайшее время достигнуть гораздо большего, его ждало самое неприятное, что может случиться с моряком, — кораблекрушение. Сначала «Морская свинка», шедшая впереди, а затем «Катон» разбились о рифы. Это случилось в 200 милях к северо-западу от залива Херви. «Бриджуотер» не пострадал.
В первые минуты после катастрофы Флиндерс думал только о спасении людей и материалов экспедиции. Он приказал спустить на воду шлюпку, намереваясь идти на ней за помощью к «Бриджуотеру». Но высокая волна отбрасывала шлюпку назад, и Флиндерс вынужден был вернуться на борт «Морской свинки».
Когда рассвело, Флиндерс увидел в полумиле от места кораблекрушения песчаную отмель. Через несколько часов команды обоих кораблей были уже вне опасности. Удалось спасти большую часть продовольствия, пресную воду, палатки, оружие, порох, различные инструменты. Флиндерс приказал подавать сигналы «Бриджуотеру», но с судна не последовало ответа, и вскоре оно скрылось из виду. Э. Полнер, капитан «Бриджуотера», совершил тягчайшее преступление: бросил на произвол судьбы попавших в беду товарищей. Придя в Бомбей, Полнер написал отчет о плавании, в котором утверждал, что ничем не мог помочь морякам с «Морской свинки» и «Катона», потерпевшим бедствие. Это была очевидная ложь, ибо Полнер и не пытался этого сделать. Жестокосердие было скоро наказано: «Бриджуотер», покинув Бомбей, бесследно исчез в океане.
Моряки, спасшиеся на маленьком островке, посовещавшись, решили, что Флиндерсу с небольшой командой надо попробовать на катере добраться до Сиднея.
26 августа Флиндерс вместе с капитаном «Катона» Парком и двенадцатью матросами на катере «Надежда» отправились в обратное плавание. Держась вблизи побережья континента, Мэтью Флиндерс 8 сентября привел «Надежду» в Сидней. Позднее в книге «Путешествие к Terra Australis» Флиндерс не без гордости писал об этом плавании: «Читатель, возможно, никогда не проходил в открытой лодке 250 лиг в море или вдоль таинственного берега, населенного дикарями. Но если он вспомнит о том, как важно было для спасения восьмидесяти офицеров и матросов, оставленных на рифе Крушения, и для сохранения карт, дневников и других материалов о плавании „Исследователя“ наше возвращение, то, может быть, поймет, какую радость мы чувствовали, входя в порт. Я немедленно сошел на берег и вместе с капитаном Парком направился к его превосходительству губернатору Кингу, которого мы нашли обедающим с семьей. Бритва не касалась наших щек со дня кораблекрушения, и можно представить себе удивление губернатора, увидевшего двух людей, которые возникли перед ним в таком виде, тогда как он считал, что они находятся за много сотен лиг от Сиднея на пути в Англию».
Кинг немедленно распорядился о проведении спасательной операции. Но прошло еще тринадцать дней, прежде чем «Ролла», частное судно, направлявшееся в Китай, и «Фрэнсис», корабль, принадлежавший колониальной администрации, направились к месту катастрофы. Флиндерс был назначен Кингом командиром шхуны «Камберленд» водоизмещением 29 тонн, направлявшейся в Англию через Торресов пролив.
В пятницу 7 октября, в полдень, через шесть недель после кораблекрушения, спасательные суда подошли к злополучному рифу. Дав салют, корабли встали на якорь. Когда Флиндерс сошел на берег, он попал в дружеские объятия. «Радость людей от моего возвращения была столь велика, что сделала этот день одним из счастливейших в моей жизни», — писал впоследствии Флиндерс.
Когда все немного успокоились, Флиндерс собрал людей и рассказал о своих дальнейших намерениях.
Тем, кто хотел вернуться в Сидней, он предложил плыть на «Фрэнсисе». Остальным, кроме десяти человек, отобранных Флиндерсом, было предложено идти на «Ролле» в Кантон, а оттуда на другом судне возвратиться в Англию. Владельцу «Исследователя» Джону Эйкену, боцману Эдварду Черрингтону, своему слуге Джону Элдеру и семи матросам Флиндерс предложил плыть с ним на «Камберленде».
10 октября все приготовления были окончены, и корабли вышли в море, каждый следуя своим путем. Часть команды «Исследователя» на «Ролле» добралась до Англии в следующем году. Флиндерса и его спутников ждала иная участь.