В 1904 году, успешно окончив университет и получив степень доктора натурфилософии, Новиков вернулся на родину. По рекомендации профессора Николая Константиновича Кольцова он начал работать в Институте сравнительной анатомии Московского университета, который возглавлял профессор Михаил Александрович Мензбир. В общем, с учителями ему повезло и тут. Осенью 1906 года приват-доцент Новиков снова отправился за границу, на стажировку. Два года он провел в Гейдельберге, Париже и на биологических станциях в Виллафранке, Триесте и Ровиньи. Вернувшись в Россию, в 1908–1909 учебном году читал курс общей гистологии в Московском университете.
Но тут — снова скачок: он увлекся политикой. Вскоре Новикова избрали гласным в Московскую городскую думу, и 10 лет он провел в ее стенах. Но и серьезные занятия наукой не оставил. Вскоре после защиты докторской диссертации — той самой, про теменной глаз у ящериц — молодой доктор наук получил должность ординарного профессора в Московском университете. Странным, прихотливым образом вся его дальнейшая судьба будет связана с МГУ.
В 1911 году Новиков в знак протеста против нападок царского министра народного просвещения Кассо на Московский университет подал в отставку — как и еще более сотни других профессоров и доцентов. Этот беспрецедентный массовый уход историки назовут впоследствии «разгромом» Московского университета. Сам Новиков отзывался об этом так: «жесточайшая катастрофа на почве защиты университетской автономии». Тут надо заметить, что решение Новикова покинуть университет было принято накануне его утверждения на посту экстраординарного профессора. Возросший в связи с этим моральный авторитет Новикова выразился не только в уважении к нему со стороны коллег, но и в политическом доверии со стороны партии конституционных демократов. От кадетов Новиков стал членом Государственной думы IV созыва (1912–1917). В Думе он был товарищем председателя Комиссии по народному образованию. По его инициативе реформировали некоторые учебные заведения и основали новые вузы — Киевский и Харьковский коммерческие институты, Тифлисский университет.
В 1916-м Новиков вернулся в МГУ. В конце сентября ученый совет физико-математического факультета избрал его ординарным профессором по кафедре зоологии, а в 1918-м — деканом физико-математического факультета. Его пребывание на этом посту было непродолжительным, около года. Однако оно ознаменовалось важным событием: Новиков ввел на факультете так называемые предметные комиссии, которые стали заниматься учебными программами и методикой преподавания. Такие комиссии были созданы и в других вузах страны.
Ничего удивительного, что в марте 1919 года Новикова избрали ректором Московского университета. Он стал первым и единственным в истории МГУ ректором, избранным советом университета демократическим путем, — всех остальных назначали. Его деятельность на этом посту была относительно недолгой — около 20 месяцев. Но за это время он успел заметно расширить состав Московского университета. Согласно постановлению Наркомпроса РСФСР, в него влились все кафедры и кабинеты Высших курсов и Университета им А. Л. Шанявского. На базе юридического факультета был организован факультет общественных наук. Удалось достроить Геологический корпус и провести под руководством художника Игоря Эммануиловича Грабаря реставрационные работы по восстановлению фасада старого здания университета на Моховой улице. Помогло личное знакомство Михаила Новикова с народным комиссаром просвещения Анатолием Васильевичем Луначарским.
Ректор создал специальный хозяйственный отдел, который отвечал за обеспечение коллектива топливом и продовольствием, а также ведал проведением необходимых строительных работ. Все это позволило в годы Гражданской войны, голода и тотальной разрухи сохранить основные университетские кадры. И опять же вполне логично, что человека с такими организаторскими способностями летом 1919 года назначили председателем научной комиссии при научно-техническом отделе Высшего совета народного хозяйства (ВСНХ). Комиссия занималась планированием и экспертизой в области науки и техники. Казалось, вот оно — мощное начало советского этапа карьеры Новикова.