Но нет, порядок снова нарушился: 23 апреля 1920 года Новикова неожиданно арестовали. Через 13 дней он уже был на свободе, но на этом неожиданности не закончились. Во второй половине того же 1920 года Наркомпрос объявил ревизию профессорского состава вузов. Университетская автономия ликвидировалась, как и традиционная система управления через советы университетов и избиравшихся ими ректоров. Взамен были введены коллегиальные органы — временные президиумы, большинство голосов в которых принадлежало лицам, назначенным правительством и партийными организациями. В вузах разгорелась настоящая борьба между «белой» и «красной» профессурой. Все это вынудило Михаила Михайловича в ноябре 1920-го оставить пост ректора «в связи с реорганизацией управления университетами». Как будто чувствовал… В начале 1922-го Наркомпрос принял новый устав для всех вузов страны. Этот документ принципиально ухудшал положение профессорско-преподавательского состава. Зарплата резко понижалась, научные лаборатории перестали обеспечиваться всем необходимым. Все это вызвало волну профессорских забастовок по стране. Тем не менее около двух лет Новиков еще продолжал работать на физико-математическом факультете университета…
Как напишет в 1923 году философ Федор Степун:
Большевикам, очевидно, мало одной только лояльности, т. е. мало признания советской власти как факта и силы; они требуют еще и внутреннего приятия себя, т. е. признания себя и своей власти за истину и добро. Как это ни странно, но в преследовании за внутреннее состояние души есть нота какого-то извращенного идеализма.
Признать власть большевиков за «истину и добро» Михаил Новиков никак не мог, это было противно его природе. В итоге 16 августа 1922 года его арестовали вторично, по обвинению в антисоветской деятельности. А уже 25 августа по решению Коллегии ГПУ в составе большой группы русской интеллигенции выслали «из пределов РСФСР за границу». (Кстати, Федор Степун отправился с Михаилом Новиковым на том же пароходе.) Терпение вождей большевизма иссякло, «роман» между советской властью и интеллигенцией завершился деловой ленинской фразой: «Всех их — вон из России» (письмо Ленина Сталину). Как бы в подтверждение такой оценки Лев Троцкий в интервью американской корреспондентке
Вы меня спрашиваете: чем объясняется постановление о высылке враждебных советской власти элементов за границу? И не означает ли, что мы их внутри страны боимся больше, чем по ту сторону границы?
Мой ответ будет очень прост. […] Те элементы, которые мы высылаем или будем высылать, сами по себе политически ничтожны. Но они — потенциальные орудия в руках наших возможных врагов. В случае новых военных осложнений — а они, несмотря на все наше миролюбие, не исключены — все эти непримиримые и неисправимые элементы окажутся военно-политической агентурой врага. И мы будем вынуждены расстреливать их по законам войны. Вот почему мы предпочитаем сейчас, в спокойный период, выслать их заблаговременно. И я выражаю надежду, что вы не откажетесь признать нашу предусмотрительную гуманность и возьмете на себя ее защиту пред общественным мнением…
Вот под эту волну «гуманизма» и попал профессор зоологии Михаил Михайлович Новиков.
После недолгого пребывания в Германии (Берлин и все тот же хорошо ему знакомый Гейдельберг) в 1923 году Новиков переехал в Прагу. Там он участвовал в организации Русского народного университета, стал председателем его отделения естественных наук, а чуть позже (до 1939 года) — и ректором.
В 1930 году Новиков принял участие в организации торжеств за рубежом по случаю 175-летия Московского государственного университета. В посвященном этому событию сборнике Михаил Михайлович обратился к профессорско-преподавательской корпорации МГУ: