Но в конце концов эта черная полоса в его жизни закончилась. После освобождения он поехал учиться в Казанский университет, вновь выбрав специализацию в области химии. Почти сразу начал вести самостоятельные исследования, и уже первые результаты оказались многообещающими. В 1901 году его работа, связанная с изучением вопросов о растворах и растворимости и посвященная изучению криогидратов солей и кислот — специфических конгломератов, когда кристаллы химического соединения оказываются вмерзшими в окружающий их лед, — получила золотую медаль Казанского университета. Но по окончании вуза ему пришлось отказаться от надежд на научную карьеру: слишком плохо было его финансовое положение, и Знаменский вернулся поближе к родным пенатам, чтобы работать в костромской земской управе. Деятельность там оказалась довольно бурной — шла оптимизация крестьянских хозяйств в рамках аграрной реформы Столыпина, и его финансовые дела, по-видимому, значительно улучшились. Однако вожделенная мечта посвятить себя науке не отпускала, и Знаменский решил еще раз попытать счастья на научном поприще, не оставляя при этом карьеру землемера. В 1914 году он начал готовиться к профессорскому званию в Казанском университете под руководством Александра Яковлевича Богородского, крупного российского, а затем и советского термохимика, известного, в частности, тем, что он стал первым применять спаренные сосуды Дьюара, заменявшие дорогую часть калориметра, его оболочку, в термохимических исследованиях для определения теплоемкости разнообразных неорганических солей. Именно это стало темой исследований Александра Знаменского.
Октябрь 1917-го не вызвал у него ярких эмоций. Можно предположить, что уже тогда он выработал ту самую форму протеста, скрытого за показной аполитичностью, которую десятилетия спустя будут называть «внутренней эмиграцией». Позже в своих статьях, написанных во время отсидки в лагерях Ди-Пи, он объяснял это тем, что к «роковой схватке» с большевизмом надо было тщательно подготовиться. Действительно, трагический опыт жизни в СССР, как показывают его публицистические статьи конца 1940-х, способствовал формированию внутреннего неприятия сталинской политики, приведшей к появлению гнетущей атмосферы лжи.
Каждый боится не только что говорить, — писал он в статье «О преодолении большевизма», опубликованной в 1948 году в газете «Обозрение» (Мюнхен), — а даже сосредоточенно думать на известные запретные темы из боязни, чтобы во время сна или в припадке безудержного отчаяния он как-нибудь не открыл своей души какому-нибудь официальному или неофициальному осведомителю.
При этом надо сказать, что смена общественно-политического строя на какое-то время принесла Знаменскому даже некоторые плюсы. Теперь он мог быть зачислен в штат учебных заведений и участвовать в обучении студентов, что и не преминул сделать.
В течение пяти лет Знаменский преподавал в Костромском государственном университете, а в 1923 году перебрался в Ярославль и в течение учебного года читал курсы физической и аналитической химии в местном университете. Но в 1924 году университет закрылся, и Александр Васильевич перешел на должность доцента в Ярославском педагогическом институте, а в 1929 году там же стал профессором.
Все это время Знаменский активно участвовал в научных конференциях, писал научные статьи, используя результаты своих еще дореволюционных термохимических экспериментов. Параллельно вел работу и в Костромском управлении по землеустройству. Именно это направление его деятельности дало повод к аресту ученого в 1930 году.
В обвинительном приговоре указано, что его судили как члена «кулацко-эсэровской группы Кондратьева — Чаянова». Александр Васильевич Чаянов (1888–1937) знаменит своими исследованиями российского крестьянства. Он полагал, что фермерские хозяйства американского типа не могут быть эффективны в России по целому ряду причин — как культурных, так и сугубо физико-географических. Положительные плоды, по его мнению, могло принести только сочетание семейных хозяйств с крупными кооперативами. В принципе, его идеи хорошо укладывались в схему, обозначенную Лениным в его работе «О кооперации», но уже к началу 1930-х придерживаться ленинских идей стало небезопасно. Чаянова обвинили в подготовке крестьянского восстания и приговорили к пяти годам ссылки. По прошествии пяти лет ссылку продлили еще на три года, а потом «заменили» расстрелом.