В отличие от ближней, далекая Океания оставалась незаселенной вплоть до последних 3500 лет, и ее заселение представляет собой самую позднюю миграцию человека в поисках необитаемых земель. Эта экспансия началась около 5000 лет назад, по всей вероятности с Тайваня (судя по лингвистическим данным). Затем люди через Филиппины и Индонезию добрались до уже обитаемых островов ближней Океании и, наконец, заселили острова далекой Океании приблизительно 3200 лет назад. Заселению далекой Океании соответствовали распространение австронезийских языков, развитие рисоводства и возникновение археологической культуры Лапита с характерной для нее особой керамикой, впервые появившейся на архипелаге Бисмарка около 3300 лет назад. Культура лапита в скором времени, около 2900 лет назад, проникла на острова Того и Самоа в западной части Полинезийского треугольника, образованного Гавайскими островами на севере, Новой Зеландией на юго-западе и островом Пасхи на юго-востоке. Центральная и Восточная Полинезия будут заселены более поздней волной миграций, около 1500 лет спустя после первой. Самое раннее известное нам заселение Центральной Полинезии произошло где-то 1200 лет назад, когда люди прибыли на острова Общества; последними же землями в мире, на которых поселился человек, стал остров Пасхи (Рапа-Нуи) и Новая Зеландия (Аотеароа) около 700 лет назад.
В генетическом плане популяции, населяющие сегодня Южно-Тихоокеанский регион, в большинстве своем являются результатом гибридизации двух генетических компонент, соответствующих двум волнам заселения тихоокеанских земель – это «папуасская» и «австронезийская» составляющие. Их соотношение в значительной степени варьируется от популяции к популяции: если в ближней Океании австронезийская составляющая охватывает около 20 %, то в далекой Океании, и особенно в Полинезии, она доходит до 80 %. При этом геномные данные, полученные в результате исследований как современных популяций, так и древней ДНК, также показали, что Южно-Тихоокеанский регион был важным коридором для миграций человека и что заселение этого региона протекало гораздо сложнее, чем можно предположить, исходя из участия только двух миграционных волн.
В ходе исследований, проведенных в 2018 году командой Марка Стоункинга из Института Макса Планка в Лейпциге (Германия), были проанализированы генетические профили более 50 популяций ближней и далекой Океании: результаты анализа показали, что распространение обитателей ближней Океании в сторону далекой Океании напоминало детскую игру в чехарду или прыжки через «козла» – например, миграция «перепрыгнула», обошла стороной главную цепь Соломоновых островов. И таким образом, некоторые популяции стали носителями папуасской составляющей в гораздо более значительной степени, чем ожидалось, – например, обитатели островов Санта-Крус. Такие результаты предполагают существование различных миграционных волн, отделенных друг от друга во времени и оказавших разное влияние на острова Тихого океана.
Сложный характер заселения Океании совершенно очевидно подтверждается и данными, полученными при исследовании древней ДНК, которая была обнаружена на островах Вануату и Тонго. Ученым удалось секвенировать геномы людей, живших в различные времена с начала периода культуры Лапита – около 3000 лет назад – и до наших дней. Выяснилось, что люди культуры Лапита были почти исключительно азиатского происхождения и генетически близки современным тайваньцам – что вполне ожидаемо, если говорить о гипотезе австронезийской экспансии, начавшейся с Тайваня. И тем не менее большинство других индивидов, живших начиная от 2300 лет назад и до сегодняшнего дня, были и остаются как минимум на 70 % папуасского происхождения! Эти наблюдения показывают, что, вполне вероятно, существовала другая волна миграции народов папуасского происхождения, несколько веков спустя после первого заселения Вануату народами азиатского происхождения, носителями австронезийских языков, и что эта другая волна по большей части заместила собой популяции Лапита, проживавшие тогда в этом месте.
Еще более удивительно, что, несмотря на произошедшее генетическое замещение и, следовательно, замещение популяций (нынешние ни-вануату имеют на 80 % папуасское происхождение) языкового замещения не произошло: большинство популяций ни-вануату говорят сегодня на языках австронезийского происхождения.