Даже из Флоренции Козимо мог видеть предпосылки восстания французских прелатов и принцев. Месяц за месяцем ропот недовольства становился все более угрожающим для ушей Людовика. Но король был слишком занят, слишком уверен в себе, слишком поглощен своими делами, чтобы обращать на это внимание. Будучи вынужденным реорганизовать свое королевство, завоевать Руссильон, вновь покорить Пикардию, найти способ угодить англичанам, он проводил свой курс без учета устремлений принцев; он недооценивал, если не игнорировал, упорство сеньориальных притязаний.
Людовик позволил втянуть себя в спор с Пием II, и хотя их ссора была связана с финансовыми претензиями и поборами последнего, она не принесла Людовику поддержки его галликанских прелатов. Папа обострил спор, направив к французскому двору двух особенно высокомерных легатов, которых король отстранил за то, что они осмелились заявить, что "даже Карл Великий не был господином папского престола". В серии указов, изданных между 1463 и 1464 годами, Людовик практически восстановил Прагматическую санкцию своего отца, но сделал монархию, а не французское духовенство, господином Церкви во Франции. Папа Римский объявил французов кучкой дураков, которыми правит дурак, и пригрозил отлучить Людовика XI от церкви. Когда в мае 1464 года Альберико Малетта сообщил ему, что Пий II тяжело заболел накануне крестового похода, о котором он так много говорил, король успокоил его: "Не волнуйтесь, сир Альберико, он не умрет, потому что он плохой Папа! ― и затем, сняв шляпу, он добавил, ― прости меня, Господи!"[47]
В конце августа, узнав о смерти понтифика, Людовик дал понять духовенству своего королевства, что новый Папа не изменит его намерений. Единственным результатом этой декларации стало дальнейшее усиление опасений амбициозных галликанских прелатов, большинство из которых были связаны кровными узами или интересами с великими феодальными домами, от которых галликанство когда-то получало выгоду.Но гораздо серьезнее было то, что его ссора с Папой втянула Людовика XI в ожесточенный конфликт с герцогом Бретонским за феодальные прерогативы. Когда в 1462 году Франциск II отказался принять назначение двух прелатов (епископа и аббата, имевших тесные связи с королевским двором), французский король принял вызов и заявил о своей юрисдикции над церковными бенефициями в Бретани как суверенный государь. Герцог Франциск на королевские претензии ответил отказом. Помимо Бургундского дома, герцоги Бретани были самыми независимыми из французских принцев, а также одними из наименее послушных из них. Бретонцы, которые из-за своей кельтской крови и языка оставались ярыми сепаратистами, стремились сохранить свои собственные институты власти, обычаи и Церковь. Герцог Франциск II был легкомысленным, любящим удовольствия молодым человеком (еще будучи Дофином, Людовик однажды сказал Камольи, посланнику Сфорца, что герцог страдает от свища в голове), но он был окружен группой бывших королевских офицеров, которые после воцарения Людовика XI сочли благоразумным укрыться при Бретонском дворе и по своим собственным причинам они побуждали герцога Франциска отстаивать свою независимость.
Людовик попытался положить конец конфликту, назначив арбитражную комиссию, но этот маневр ни к чему не привел, и к тому времени, когда он покинул Эден в начале июля 1464 года, Франциск II открыто собирал войска и тайно пытался установить контакты с Англией. К его большому неудовольствию, королю вскоре сообщили (вероятно, граф Уорик), что Рувиль, вице-канцлер герцога Бретонского, пересек Ла-Манш под видом монаха и заключил с Эдуардом IV перемирие сроком на один год. Кроме того, Людовик узнал, что сам Франциск письменно обязался помочь королю Англии в случае, если тот предпримет попытку вновь завоевать Нормандию. Прибыв в Нормандию, Людовик ограничился оборонительными мерами и публично осудил сношения Франциска с англичанами.
Герцог отреагировал быстро и по предложению своих советников обратил обвинение против себя на своего противника. В начале августа Франциск II разослал письма принцам королевства, среди которых был Карл, герцог Беррийский, слабый и робкий молодой человек, который в возрасте 17-и лет был наследником престола как брат короля, в которых он предупреждал их, что их государь предложил Гиень и Нормандию англичанам при условии, что последние помогут ему сокрушить французское дворянство. Людовик поспешил разослать свой собственный циркуляр великим баронам, чтобы продемонстрировать абсурдность такого обвинения. Однако вскоре он понял, что это даст принцам прекрасный предлог для сплочения рядов, и что это может сбить с толку тех, кто, как Пьер де Брезе, разделял их взгляды. 1 сентября, проведя несколько дней в его обществе, Людовик восстановил его в должности Великого