Первоначально Чарлз учился дома; до двенадцати лет его наставником был отец, превосходно подготовивший его и по математике, и по латыни и греческому языку. Затем мальчика отправили в школу — сначала в Ричмонд, потом в знаменитый Регби. Это была закрытая школа-пансион, одна из так называемых публичных школ, которые предназначались совсем не для детей широкой публики, хотя и носили такое название. На первом месте в школе стояла христианская мораль и нравственность, за ними — джентльменское поведение и лишь затем интеллектуальные достижения. Среди шести опаснейших грехов назывались плотская распущенность и склонность к дурному обществу. Чарлз твердо верил, что жизнь есть не прекращающаяся ни на час борьба с дьяволом; одержать в ней победу можно лишь благодаря неустанной бдительности, воле и строгости, в первую очередь к самому себе, упорному труду и постоянному — в молитвах и мыслях — общению с Богом. Этим принципам Кэрролл остался верен на протяжении всей своей жизни. Свидетельства тому — девять сохранившихся томов его дневника (четыре были потеряны после его смерти родными, не отдававшими себе отчета в том, какое сокровище досталось им в наследство), его многочисленные письма, воспоминания родных и друзей, в том числе тех, кто дружил с ним в детстве и юности, и, конечно, его произведения.
Учеба давалась Чарлзу легко. Особых успехов он достиг в математике и древних языках. Однако в латинском стихосложении, занимавшем немалое место в школьной программе, он порой выказывал пренебрежение общепринятыми правилами, вводя свои исправления, которые, как отмечали его преподаватели, были всегда логически оправданны. «С удивительным хитроумием он подменяет обычные, описанные в грамматиках окончания существительных и глаголов более точными аналогиями или более удобными формами собственного сочинения», — отмечал в своем отзыве о четырнадцатилетнем Чарлзе его наставник мистер Тейт. Уже в эти годы в будущем писателе пробудился интерес к словам и к той логической игре с ними, которой будет впоследствии отмечено его творчество.
Последующая жизнь Чарлза Латвиджа Доджсона связана с Крайст Чёрч. Он окончил университетский курс с отличием по математике; вскоре ему был предложен пост стипендиата в Крайст Чёрч. Стипендиатами в те годы называли членов колледжа, получавших скромную пожизненную стипендию, т. е. содержание, позволявшее им заниматься богословием или наукой (порой, как это было с Доджсоном, и тем и другим) в стенах Крайст Чёрч. При этом им предоставлялась квартира, право пользования библиотекой и прочее; при желании они могли пополнять свои доходы чтением лекций или частными уроками. По все еще действовавшему в те годы уставу Крайст Чёрч, принятому в XVI веке, когда при оксфордском соборе Христовой церкви был учрежден богословский колледж, стипендиат посвящался в духовное звание (сначала диакона, затем священника) и давал обет безбрачия. Доджсон не сразу решился на этот шаг — ему предшествовали долгие раздумья, беседы с отцом и епископом Оксфордским Уилберфорсом. Несмотря на свою принадлежность к «Высокой церкви», Чарлз уже и в те ранние годы чувствовал, что не может полностью принять ее доктрин и некоторых требований, предъявляемых к священнослужителям. Он задумывался над идеей «вечного проклятия» — позже, в зрелые годы он напишет специальный труд, в котором как логик опровергал ее. Смущал его запрет на посещение театра и занятия фотографией, на котором настаивали многие служители англиканской церкви (он любил театр и был прекрасным фотографом-любителем).
Наконец в декабре 1861 года, после подробных бесед с епископом Уилберфорсом, заверившим его, что этот запрет относится лишь к священникам и что он будет волен, если не пожелает, не принимать впоследствии сана, Доджсон был рукоположен в диаконы. Диакон (deacon) в Крайст Чёрч был младшим священником, он мог при желании читать проповеди, помогать во время службы, но не вел работы с прихожанами. Изменение университетского устава в 1866 году избавило Доджсона от необходимости дальнейших решений. Он участвовал во всех ученых и церковных делах Крайст Чёрч; проповеди читал редко и предпочтительно детям.