Павел III занял папский престол в 1534 году и сейчас же обратился с соответствующими инициативами к главам католических государств. В январе 1535 года король Фердинанд согласился провести собор в Мантуе — итальянском городе, входившем во владения Габсбургов; Карл V и его брат могли чувствовать себя здесь, как дома. Достигнув соглашения, папа обнародовал буллу «Ad dominici gregis», в которой назначил проведение Вселенского собора на 23 мая 1537 года. Но Карл V и Франциск I наотрез отказались ехать в Мантую. Павел III предложил Виченцу, а срок открытия перенес на 1 мая 1538 года. Но этот вариант тоже не устроил обоих монархов. Император Германии и король Франции снова затеяли войну, и папе пришлось ждать, пока они выяснят отношения. Наконец противники заключили мир, и тогда появилась новая булла «Laetare Jerusalem [31]», в которой указывалось, что собор откроется 19 ноября 1544 года в городе Тренто.
Между тем папа, не дожидаясь открытия собора, предпринял ряд мер, направленных на улучшение ситуации внутри Церкви. Начиная с 1535 года он формировал кардинальский корпус из лиц, разделявших его взгляды (что должно было обеспечить ему большинство голосов в Священной коллегии), и одновременно расширил полномочия Конгрегации Реформы — своего рода министерства, отвечающего за внутрицерковную дисциплину. В январе 1536 года этот орган издал устав, регламентирующий посвящение в духовный сан и устанавливающий правила поведения для священников и епископов. Затем под председательством кардинала Контарини была создана экспертная комиссия, представившая в 1537 году отчет о злоупотреблениях, имевших место в Церкви, и предложившая меры к их искоренению. Поэтому Вселенский собор смог начать работу не с «чистого листа», и прибывшие на него церковные деятели получили целый пакет документов для плодотворной дискуссии. Направили приглашение и лютеранам. Но, понимая, что инициатива проведения собора целиком принадлежит папе, а представители светской власти вообще не имеют на нем права голоса, те с надменным видом отказались. Павел III продемонстрировал незаурядное терпение, добиваясь участия лютеран в работе собора, что само по себе выходило за все привычные рамки, поскольку лютеране были отлучены от Церкви.
Лютер, который на протяжении многих лет требовал созыва собора, теперь активно противился ему. «Я больше не интересуюсь ни рейхстагами, ни соборами, — писал он. — Ничего от них не ожидая, я предпочитаю о них вообще не думать». На самом деле он думал о соборе очень часто, о чем свидетельствует его письмо к Амсдорфу: «На рейхстаге говорили, что государь с силой давит на наших, принуждая их дать согласие на участие в соборе; наши в ответ упираются и негодуют. Что-то я не пойму, в чем тут дело. Папа называет нас еретиками и отказывает нам в праве ехать на собор, император, напротив, настаивает на нашем в нем участии и желает, чтобы мы приняли к исполнению все его решения». 20 лет назад, ратуя за созыв собора, Лютер надеялся использовать его как инструмент в борьбе против папы. Однако нынешний собор, он видел это, собирался действовать заодно с папой, а указы Павла III, предшествовавшие собору, решительно обрушивались на беспорядки, с которыми Церковь с переменным успехом боролась на протяжении уже ста лет. Поэтому натравить друг на друга папу и делегатов собора не представлялось ни малейшей возможности. «Вот оно, царство сатаны! Бредят они, что ли? Они проклинают нас и тут же зовут к себе! Нет уж, пусть сначала папа признает, что собор главнее его, а уж тогда мы приедем и поспорим».
Наступил день 15 марта 1545 года, дата официального открытия собора, но из-за того, что прибыло слишком мало делегатов, срок снова пришлось отодвинуть. В конце концов XIX Вселенский собор открылся 13 декабря, за два месяца до смерти Лютера. Первая его часть, наиболее продолжительная, заняла около четырех лет. Ею руководил папа Павел III. Работа собора протекала в двух направлениях. Первое касалось догматики (именно в этой связи и уместно говорить о Контрреформации, ибо собор проголосовал за целый ряд определений, опровергавших лютеранское учение); второе — дисциплинарных вопросов. В области догматики собор провозгласил, что Писание не является единственным источником веры, что помимо него существует также Предание; еще раз напомнил католическое учение о первородном грехе и спасении,, о таинствах, чистилище и индульгенциях.
В дисциплинарном аспекте собор подтвердил незыблемость папской власти надо всей Церковью; обязал епископов постоянно проживать на территории своих епархий и быть всегда на виду местного духовенства; строго запретил совмещение бенефиций; подтвердил необходимость серьезной богословской подготовки для священников. Князьям запрещалось вмешиваться во внутрицерковные дела.