Собор закончил работу только в 1563 году. В промежутке между двумя отделениями работы собора папа Павел IV, стремясь не допустить, чтобы применение уже принятых дисциплинарных мер затянулось надолго, назначил Комиссию по общей реформе, которая незамедлительно приступила к претворению в жизнь решений Тридентского собора.
Наряду с этими официальными мероприятиями начала разворачиваться и настоящая Реформа Церкви, причем не на бумаге, а в людских сердцах. Ее инициаторами выступили несколько деятельных и глубоко набожных епископов — Джиберти в Вероне, с 1528 по 1543 год неустанно объезжавший всю свою епархию, державший под неусыпным контролем учебные заведения и следивший, как живут подчиненные ему священники; Гераклий Гонзаго в Мантуе; Бернардо Клее в Тренто; Алеандр в Бриндизи; Садоле в Кар-пентра, своим усердием немало способствовавший укреплению в вере своей паствы.
Реформа «со знаком плюс», ставившая своей целью не борьбу с ересью, а улучшение духовенства и через него — всей Церкви, определила деятельность многих религиозных организаций. Среди них в первую очередь заслуживает упоминания «Общество Иисуса», основанное Игнатием Лойо-лой. Этот бравый капитан участвовал в осаде Памплоны, был тяжело ранен, долго болел, а поправившись, совершил в одиночку паломничество ко святым местам. Только в 35 лет он поступил на факультет искусств в Алкале, затем учился в Саламанке и, наконец, в Сорбонне. 15 августа 1534 года вместе с еще шестью единомышленниками 43-летний Лойола организовал общество, поставившее себе одну цель — служение Богу. Три года спустя оно получило название «Общество Иисуса». Поначалу члены Общества занимались подготовкой кадров для выполнения различных ответственных поручений папы, затем занялись проповеднической деятельностью, обращая особое внимание на исконно христианские, но отошедшие от христианства страны. Они преподавали в учебных заведениях и организовали собственную систему «приютов», куда был открыт доступ священникам и верующим мирянам, желавшим в тиши уединения поразмыслить о вере и своей дальнейшей жизни.
Благодаря высокой образованности, дисциплине и самоотверженности иезуиты стали для папы чрезвычайно эффективным «инструментом», способным работать по всей Европе. Но наибольшее применение их таланты нашли в Германии, которая как никакая другая страна нуждалась в грамотных проповедниках. В 1540 году Пьер Фавр — один из ше-сти первых сподвижников Игнатия Лойолы — принимал участие в Вормсском коллоквиуме, а затем проповедовал в Шпейере, Майнце и Кельне, где поддержал народные выступления против архиепископа Германна фон Вида. Ле Жей участвовал в подготовке реформы Регенсбургского капитула и создании школ при университетах и семинарий в Южной Германии. Именно ему доверил представлять себя на Тридентском соборе епископ Аугсбургский. Бобадилья трудился в Нюрнберге, растолковывая прихожанам смысл Послания к Римлянам в духе католицизма, участвовал в диспутах с богословами-протестантами и получил от епископа Пассау задание подготовить реформу духовенства. Он же совершил большую поездку с публичными проповедями по всей Южной Германии. Петер Канизий — первый немецкий иезуит — в качестве богослова принимал участие в работе Тридентского собора.
Кроме иезуитов были и другие организации, посвятившие свою деятельность очищению католического духовенства. В 1517 году, том самом, когда Лютер обнародовал в Виттенберге свои тезисы, в Риме появилась Оратория божественной любви, основанная Жаном-Пьером Карафа (будущим папой Павлом IV), Гаэтаном Тиенским и гуманистом Садоле. Эта организация быстро распространилась по всей Италии. Свою задачу она видела в воспитательной работе с представителями духовенства. В 1524 году из ее недр вышла конгрегация театинцев, занявшаяся подготовкой церковной реформы. Первыми ее руководителями стали Карафа и Гаэтан Тиенский. Со своей миссией она справлялась так успешно, что ее ряды надолго стали тем надежным источником, из которого папство черпало кадры епископов и кардиналов, преданных идеям Тридентского собора.