Тем не менее никаких проблем с принятием сана у него, судя по всему, не возникло. Осенью и зимой 1506 года его уже произвели соответственно в иподиаконы и диаконы, а весной 1507 года (некоторые в качестве точной даты называют 3 апреля, другие — 2 мая) в Эрфуртском соборе епископ Иоганн Бонемиш рукоположил его в священнический сан. Лютер готовился к этому событию, а сердце его «обливалось кровью». Впрочем, сохранилось его письмо викарию Эйзенаха Иоганну Брауну, в котором он излагал свое понимание духовного призвания и Божьей благодати, нисколько не противоречившее католическому учению: «В славе и святости Своей Бог явил чудо и возвысил меня, недостойного и многогрешного. Милосердием Своим Он призвал меня служить славе Его. Отныне, дабы выразить свою благодарность за столь высокую милость, мне должно всем сердцем стремиться исполнить то, что мне доверено...». В тот момент, когда по ходу богослужения свершалось приношение даров, его вдруг обуял такой трепет, что он едва не выскочил из алтаря, так что наставнику пришлось удерживать его. Затем настал его черед служить мессу, и, по его собственному признанию, его «не покидало чувство великого ужаса».
Между тем он пригласил великое множество гостей, включая свою родню. Вместе с отцом из Мансфельда прискакало верхом целое «войско» — 20 человек. После службы состоялась торжественная трапеза, и Мартин, наверное, больше для самоуспокоения, чем ради поддержания своего авторитета в глазах окружающих, вслух обратился к отцу: «Скажите, батюшка, почему вы так противились моему обращению в религию? Разве не дает нам религия примера счастливой и безмятежной жизни? Неужели вы и сегодня печалитесь, что сын ваш принял духовный сан?» Несмотря на оптимизм, звучавший в словах новоиспеченного священника, на лице его ясно читались следы сомнения.
Отец поднялся из-за стола. Гости примолкли, готовясь выслушать набор общих слов, подходящих к случаю. Но рудокоп обвел присутствующих взглядом, полным упрека. «Вы все ученые господа, — начал он. — Разве не читали вы, что сказано в Писании? Почитай отца своего и мать свою!» Затем, обернувшись к сыну, он произнес, с трудом сдерживая гнев: «Вы нарушили эту заповедь, когда бросили меня и свою мать, хотя мы надеялись, что в старости получим от вас помощь и утешение. Ваше учение стоило мне больших средств, вы же поступили в монастырь против нашей воли».
Мартин поспешил напомнить о причинах своего решения. Разве не Бог явил ему свою волю в тот день, когда во время грозы его швырнуло на землю? «Дай Бог, чтобы не дьявол...» — только и отвечал отец. Сидевшие за столом монахи принялись защищать собрата, на все голоса расхваливая свое житье-бытье. «Что ж, коли я пришел сюда, — не сдавался отец, — я стану есть и пить с вами, хоть мне и хочется быть отсюда подальше». Мартин сделал последнюю попытку, уверяя отца, что в монастыре он принесет родителям гораздо больше пользы своими молитвами, чем принес бы в миру, зарабатывая состояние. «Дай Бог, дай Бог...» — с большим сомнением в голосе повторял в ответ Ганс.
Посвящение в сан происходило в те времена намного раньше, чем это принято в наши дни, зачастую за несколько лет до завершения богословского образования. Брату Мартину тоже предстояло учиться еще полтора года, а руководителем его теперь назначили известного августинца Иоганна Натхина. Лютер продолжил изучение все тех же авторов, а в душе его по-прежнему бушевали сомнения и страхи. Вопреки мудрости духовных учителей, вопреки заветам наставников он никак не мог отрешиться от снедавшей его внутренней тревоги.
Казалось бы, сделавшись священником, он получил возможность черпать силы для борьбы с искушением в самом отправлении божественной службы, однако в действительности с ним случилось прямо противоположное: «Я готовился к мессе с величайшим благоговением, однако, поднимаясь на алтарь, чувствовал одно лишь отчаяние и в отчаянии же спускался с алтаря». Уже не раз его посещала мысль о том, что не все ладно с состоянием его души. «Неужели я единственный, — вопрошал он себя, — кого вечно грызет эта внутренняя тоска?» Неизвестно, пытался ли он тогда же прояснить этот вопрос с собратьями по вере, однако тридцать лет спустя он уже давал на него определенно отрицательный ответ, распространяя собственное душевное беспокойство на всех монахов своей обители: «Мы изводили своих исповедников». Отметим все же ограниченный характер этого «мы», поскольку в его число не вошли исповедники, то есть все монастырские священники.