В качестве ответного шага протестантские княжества решили собрать собственный конгресс в Шмалькальдене. Лютер мечтал, что это будет исключительно немецкое мероприятие, однако у будущих участников имелись собственные виды на его состав, обязательность его решений и роль императора. Большинство сразу отвергли идею назвать конгресс «антисобором», понимая, что это равнозначно признанию своей ответственности за раскол христианского мира. Символ веры, который предстояло обсудить богословам, поручили написать Лютеру. В этом документе прозвучали уже хорошо известные тезисы. Бог есть Троица. Христос — единственный Искупитель и Спаситель, что и составляет суть лютеранского учения, направленного «против папы, дьявола и мира». Месса — гнусность и «худшее из папистских идолопоклонств». Этому утверждению Лютер придавал особое значение, будучи уверенным, что «если не станет мессы, рухнет и папство». Папа — антихрист, захвативший власть обманом и мечтающий погубить Святую Христианскую Церковь. Но Церковь устоит, если сумеет освободиться от папы. «Да покарает тебя Бог, сатана!» — обращается Лютер непосредственно к папе. Человек непоправимо греховен, и спасение ему может принести одна только вера. Христос реально присутствует в хлебе и вине, входящих в таинство причащения, и каждый верующий получает свою часть.
Сочиненный Лютером Символ веры одновременно походил и на обличительную речь. «В каждой из его статей, — подчеркивал Кун, — содержится то или иное обвинение в адрес Рима. Каждая его строка дышит ненавистью к римскому гнету, презрением к папизму, твердой решимостью не уступать ни пяди и готовностью идти до конца». Составленный Лютером текст вызвал яростные споры богословов, но вовсе не по причине пропитавшего его духа нетерпимости и злобы. Меланхтон, Амсдорф, Бугенхаген, Ионас, Спалатин, Круцигер, Агрикола схлестнулись друг с другом по вопросу реальности присутствия Иисуса Христа в таинстве евхаристии. Партии Буцера грозила опасность остаться в меньшинстве. Мало того, Меланхтон, подписывая документ, сделал к нему приписку: «Что касается папы, то ради сохранения мира можно оставить за ним власть над епископами».
Протестантский конгресс собрался в Шмалькальдене 9 февраля 1537 года, то есть еще до начала работы католического собора. Папа делегировал на него нунция Ван дер Ворста, император — советника Гельда. Из-за нежелания участников прийти к соглашению по вопросу присутствия Христа в таинстве евхаристии работа конресса затянулась. Блауэр высказывался против, Амсдорф — за. Меланхтон встал на сторону Блауэра. Неожиданно для всех заболел Лютер. С ним случился жестокий приступ почечной колики, доставивший ему ужасные физические страдания. Все тело горело, он не мог принимать никакой пищи и решил, что настал его последний час. Впоследствии в своих «Застольных беседах» он вспоминал об этом эпизоде и рассказал, как молился: «Господи! Ты знаешь, с каким рвением и твердостью проповедовал я Слово Твое! И вот теперь я умираю, пылая ненавистью к папе». Его тешила мысль, что оба они вскоре предстанут перед Высшим Судом, только его ожидает вечная радость, а папу — вечный позор.
Боль все не унималась, и тогда он решил, что это проделки дьявола, вонзившего ему в тело занозу, как когда-то святому Павлу (снова сравнение себя с апостолом, хоть и в новом аспекте). Полагая, что ниспосланное ему суровое испытание — лишь пробный камень, он не без удовлетворения сравнивал себя со святым Этьеном, побитым каменьями. В одной из доверительных бесед с Меланхтоном у него вырвалось признание, что ему горько умирать отлученным от Церкви. Правда, он сейчас же спохватился: «Папа умрет, отлученный навеки Господом моим Иисусом Христом!» Невыносимые физические страдания, кажется, лишили его способности логично рассуждать, и он уже смешивал в одну кучу недостатки прежней Церкви и ошибки новой. «Отец Небесный! — взывал он. — Услышь мои стоны и облегчи мои муки! Под ненавистным гнетом папизма мы не знали истинного Евангелия кроме жалких латинских обрывков, которые бормотали, не понимая их смысла, в церкви, за столом, на утрене. Неужели миру суждено вернуться к этому?! И почему кругом столько ссор и вражды? Каждый только и думает, как бы прокричать собственные бредни и заставить остальных в них верить!»