В этом тяжелом состоянии он пробыл долгих восемь дней, еще дыша, но уже думая о переходе в мир иной. Никакого значения на конгрессе он не имел. Перед смертью ему захотелось встретиться с единомышленниками; к тому же его крайне угнетала мысль, что своей кончиной он доставит радость «мерзкому папскому легату». 26 февраля курфюрст распорядился приготовить для Лютера карету. Перед отъездом больной осенил остающихся размашистым крестом: «Да благословит вас Господь и да преисполнит ваши сердца ненавистью к папе!» От сильной тряски на неуклюжих носилках камешки, которые не смогли изгнать из почки Лютера медики, выскочили сами собой. Больной почувствовал громадное облегчение. Меланхтону он написал: «Господа тронули ваши слезные молитвы, и Он отверз мой мочевой канал. Благодарите же вместе со мной Всемилостивого и Всеблагого Бога! Да сохранит нас Господь, да сгинут под нашими стопами сатана и все его приспешники из римской курии!»
Впрочем, мысли о скорой кончине еще не оставили его. Об этом он через Бугенхагена сообщал Ионасу, намеренно придавая своим словам характер завещания: «Слава Богу, я понимаю, что правильно поступил, с помощью Слова Божьего поколебав папизм, ибо папизм — это гнусное преступление против Бога, Христа и Евангелия. Передайте слова утешения моей Катарине. Пусть со смирением встретит весть о моей смерти. Она была мне достойной супругой и верной помощницей». Затем он просил передать ландграфу, чтобы тот не волновался по поводу конфискации церковных земель (можно подумать, Филиппа Гессенского донимали угрызения совести!), поскольку он пошел на этот шаг исключительно в интересах истинной религии. Своим соратникам он велел продолжать начатое дело. О себе он писал, что готов встретить смертный час, хотя мечтает дожить хотя бы до Троицы, чтобы еще раз прилюдно обличить «римского зверя». В заключение он заявил, что предает свою душу в руки Спасителя Иисуса Христа. Он исповедовался Бугенхагену, получил отпущение грехов, дал указания, как следует поступить с его прахом. 14-го он добрался до Витгенберга, и здесь здоровье его понемногу пошло на поправку. «Я заново учусь есть и пить. Милостью Божией я, наверное, снова встану на ноги».
Конгресс продолжил работу без Лютера. Вдохновителем споров выступил Меланхтон. Надеясь побыстрее составить документ, который удовлетворил бы всех участников встречи, он отказался от своей идеи протолкнуть тезис о главенстве папы и предложил собранию два коротких текста, целиком выдержанных в антипапистском духе: «О власти и главенстве папы», «О власти епископов творить суд». Лютер перед отъездом поинтересовался, все ли богословы подписались под составленными им статьями, и Меланхтон, не желая огорчать умирающего, каким все считали Лютера, ответил утвердительно, что совершенно не соответствовало действительности. Написанные Лютером тезисы отнюдь не встретили единодушной поддержки, так что в конце концов их вообще решили снять с обсуждения.
Зато единогласного одобрения удостоились оба меланхтоновских текста. Избавившись от нависавшей над ним тени Лютера, тот теперь почувствовал себя первым богословом новой религии и спешил утвердиться в этой роли, снискав всеобщее признание. В знак почтительности перед тем, кого многие в мыслях уже называли «дорогим усопшим», и стремясь избежать ссоры с наиболее радикально настроенной частью собрания, являвшей большинство, он организовал переиздание «Обращения доктора Лютера к возлюбленным немцам», выдержанного в яром антипапистском духе.
Когда Реформатор узнал, что его «Шмалькальденские статьи» не получили поддержки конгресса, он выпустил их отдельной книгой, изложив ряд тезисов в еще более резкой форме и указав, что публикуемый текст «полностью одобрен участниками движения Реформации». Однако из-за болезни автора книга увидела свет только в 1538 году. Еще через год вышел трактат «О соборах и Церкви», в котором Лютер развивал свои идеи о духовной власти. Последнее слово в вопросе веры принадлежит не папской Церкви и не соборам, писал он, но Духу Святому, который проявляется лишь в сознании верующих. «Церковь это не папа, не епископы, не монахи, не имеющие веры в Иисуса Христа, но сами верующие христиане». Далее шли замечания менее научного характера: «Папа-осел придавил нас своей грязной, зловонной, поганой тушей. Он решил, что Церковь — его личный нужник, и потребовал, чтобы поклонялись всему, что вываливается из него и спереди, и сзади». Вместе с тем он выражал надежду, что папа все-таки созовет Вселенский собор и тем самым продемонстрирует всему миру свою несостоятельность.