Осада Пскова, которой поспешили воспользоваться шведы, чтобы овладеть Нарвой, поставила русское правительство перед необходимостью пойти на дальнейшие уступки Речи Посполитой. Рассчитывая примириться с главным противником — Баторием, Грозный стремился развязать себе руки для борьбы с шведами. В 1581–1582 гг. положение было таково, что не приходилось уже думать о том, чтобы удержать за собой всю Ливонию или большую ее часть. В лучшем случае можно было думать только о том, чтобы сохранить за собой хоть небольшой кусок балтийского побережья с удобной гаванью. Такой гаванью была Нарва.
Нужно сказать, что шведские успехи в Прибалтике вызывали подозрения и недовольство и в Речи Посполитой. В 1581 г. Баторий определенно требовал, чтобы шведы не трогали Ливонию и предлагал принять р. Нарову границей польско-литовских и шведских владений в Прибалтике. Однако рассчитывать на польско-шведские противоречия не приходилось. Баторий определенно откладывал разрешение спора с шведами в Ливонии до конца войны с Русским государством. При таких условиях Грозный попытался заручиться влиятельным посредничеством римского престола. Поверивший в возможность осуществления церковной унии, о чем, конечно, никогда серьезно не думал Грозный, папа Григорий XIII направили польско-литовскому и русскому двору в качестве посредника иезуита Антония Поссевино. Попытка царя добиться посредничества императора не дала результатов.
Впрочем, едва ли посреднические усилия Поссевино сыграли крупную роль в ходе мирных переговоров, которые начались в декабре 1581 г. в Запольском Яме. Главной причиной, побудившей Батория пойти на заключение мирного договора, была неудача осады Пскова и истощение сил Речи Посполитой. Вотируя в 1581 г. новые налоги на войну, земские послы определенно настаивали перед королем на необходимости заключить мир. Что касается политической линии, проводимой Поссевино при польско-литовском дворе в осуществление планов римской курии, то она была прямо враждебна Русскому государству. В период польско-русских мирных переговоров Поссевино усиленно работал над организацией союза Речи Посполитой с Швецией. Совершенно очевидно, что такой союз мог быть направлен в первую голову против Русского государства.
В ходе переговоров русскому посольству удалось добиться главного, на чем настаивало русское правительство: шведский король не был включен в условия соглашения Русского государства с Речью Посполитой. В этом пункте русской дипломатии удалось сломить сопротивление Батория и папского посредника Поссевино. Русскому государству удалось как будто развязать себе руки для борьбы с шведами за Нарву.
15 января 1582 г. переговоры закончились заключением 10-летнего перемирия. Царь вынужден был отказаться от Ливонии. К Речи Посполитой отходили также Полоцк и Велиж. Зато Русскому государству возвращались Великие Луки и другие захваченные польско-литовскими феодалами города.
Самым тяжелым обстоятельством был тот факт, что Русскому государству, несмотря на перемирие с Речью Посполитой, не удалось вернуть от шведов Нарву. Правда, Ям-Запольское перемирие не распространялось на Швецию, но Баторий, больше всего боявшийся, чтобы Русское государство не стало прочной ногой в Прибалтике, поспешил оказать дипломатическое давление на русское правительство. Страх перед Русским государством заставлял польско-литовских и шведских феодалов временно забывать о существовавших между ними противоречиях. В 1583 г. было заключено перемирие в Плюссе между Русским государством и Швецией. Русское государство было вновь лишено абсолютно необходимого для него широкого выхода к Балтийскому морю. За ним остался только небольшой участок побережья Финского залива с устьем Невы. В руки шведов перешли русские города Ям, Копорье, Ивангород. Грозный не считал, однако, борьбу за Ливонию окончательно проигранной и готовился к возобновлению войны. Именно поэтому в 1582–1584 гг. он вновь возвращается к проекту союза с Англией. Баторий тоже не считал законченней свою борьбу с Русским государством. Он носился с авантюристическими планами покорения Русского государства и организации похода против Турции. В лице Поссевино он нашел убежденного сторонника своих замыслов. Ни Грозному, ни Баторию не удалось осуществить своих планов.
Итак, Ливонская война окончилась неудачей. Русское государство не получило необходимого ему выхода к Балтийскому морю. Разоренные военными действиями латышский и эстонский народы тоже проиграли в результате неудачи для Русского государства Ливонской войны.
Используя раздел Ливонии и опираясь на иностранные правительства, немецкие феодалы еще более усилили эксплуатацию латышского и эстонского крестьянства и увеличили свои сословные привилегии.