«Понеже я, нижайший, в состоянии нахожусь не токмо химические эксперименты для приращения натуральной науки в Российской империи в действо производить и о том журналы и сочинения на российском и латинском языке сочинять, но при том еще могу и других обучать физике, химии и натуральной минеральной гистории, и того ради, имею я, нижайший, усердие и искреннее желание наукою моею отечеству пользу чинить… для того чтобы на мое обучение в Германии издержанная е. и. в. сумма и мои в том положенные труды напрасно не потерялись.
И если бы в моей возможности было, чтобы мне, нижайшему, на моем коште лабораторию иметь и химические процессы в действие производить можно было, то я бы, нижайший, Академию наук в том утруждать не стал. Но понеже от долговременного удержания заслуженного мною жалования в крайнюю скудость и почти в неоплатные долги пришел, для того не токмо лаборатории и к тому надлежащих инструментов и материалов завесть мне невозможно, но с великой скудостию и мое пропитание имею…»
К лаборатории Ломоносов просит прикомандировать двух студентов, а именно «Степана Крашенинникова да Алексея Протасова». В конце Ломоносов просит «выдать заслуженное мною жалование все сполна». Так в тот год заканчивались все прошения сотрудников академии, чего бы они ни касались.
В дни, когда писалось прошение об учреждении лаборатории, Ломоносову, пособнику ненавистного Нартова, уже был объявлен бойкот, а пару недель спустя состоялся его злосчастный визит на Академическую конференцию и в Географический департамент. Разумеется, никто не стал и рассматривать заявление, поданное в такой момент.
Ломоносову, однако, удавалось в 1744–1745 годах время от времени получать от канцелярии деньги на покупку реактивов и оборудования. В марте 1745 года он подает третье прошение, где, между прочим, пишет: «Хотя имею я усердное в химических трудах желание упражняться, однако без лаборатории принужден только одним чтением химических книг и теориею довольствоваться, а практику почти вовсе оставить и для того от ней со временем отвыкнуть».
Канцелярия вновь стала затягивать решение вопроса. Лишь 2 ноября Шумахер отсылает проект Винсгейму для представления «на рассуждение Конференции». Тот, старый неприятель Ломоносова, ответил, что собрание уже обсуждало вопрос и вынесло отрицательную резолюцию. И все же 15 декабря Академическая конференция вновь рассматривает доклад Ломоносова и принимает предложенный им проект письма в Сенат: «Понеже мы все обще усмотрели, что Химическая лаборатория при Академии наук для исследования натуральных вещей весьма нужна и профессор химии без оной надлежащей пользы приносить не может… того ради Правительствующий Сенат все покорнейше просим, дабы по примеру других славных Академий поведено было при Академии наук построить Химическую лабораторию по приложенному при сем рисунку; <…> и на то определить особливую сумму сверх положенной на Академию наук». Последний пункт был, видимо, решающим. Прошение подписали Делиль, Гмелин, Вейтбрехт, Леруа, Рихман, Тредиаковский и Ломоносов.
Тем временем Шумахер вел переговоры с голландским врачом и химиком Авраамом Каау-Бургаве, племянником знаменитого Германа Бургаве, приглашая его в академию и обещая ему место профессора «анатомии и химии», причем в качестве последнего он должен был «направлять занятия Ломоносова». Бургаве было обещано восемьсотрублевое жалованье (обычно профессора получали 500–600 рублей). Таким образом, лаборатория, которую Сенат 1 июля 1746-го распорядился строить «на Васильевском острову за счет кабинета», должна была оказаться в распоряжении не Ломоносова, а Бургаве. Ломоносов узнал об этом и стал жаловаться, выделение денег до выяснения всех обстоятельств затормозили, и в результате строительство началось лишь два года спустя. Тем временем Бургаве, приехавший в Россию в 1747 году, в конце концов удовольствовался кафедрой анатомии. Вернувшийся наконец из Германии Рейзер, которому, по словам Ломоносова, место профессора химии тоже предлагалось, отказался — «видя худое академическое состояние и непорядки».
По первоначальному проекту лабораторию предполагалось «построить из кирпича со сводами, и чтобы при ней был дом для профессора химии, ибо нередко случается, что химические операции несколько дней непрерывно продолжаются». В конце концов, в августе 1747 года лабораторию решено было строить прямо во дворе Бонова дома.
Лаборатория была заложена здесь 3 августа 1748 года и достроена к 12 октября. Проект разработал академический архитектор Яков Шумахер (младший брат Иоанна Даниила), работами руководил подрядчик Михаил Горбунов. В здании длиной шесть с половиной и шириной четыре сажени (около четырнадцати и восьми с половиной метров соответственно), крытом черепицей, было три комнаты: собственно лаборатория, аудитория для чтения лекций, служившая одновременно кабинетом Ломоносова, и склад. Этот домик (переделанный в начале XIX века под жилье) простоял здесь вплоть до Второй мировой войны.