Став во главе Академической канцелярии, Ломоносов обращает внимание решительно на все академические учреждения. Его беспокоят и непорядки в обсерватории и состояние Ботанического сада, который «лежит в запустении и больше на дровяной двор походит». Ломоносов намечает меры для расширения Ботанического сада.
Особенное внимание Ломоносов обращает на состояние числящихся при Академии наук гимназии и университета, которые и получает в свое ведение в январе 1760 года. Ломоносову досталось тяжелое наследство.
Бедственное положение гимназии лучше всего видно из рапортов Семена Котельникова, которого Ломоносов назначил инспектором в 1761 году. На Троицком подворье, где находилась гимназия в сентябре 1764 года, по донесению Котельникова, «двери во всем доме так ветхи, что не токмо не можно плотно затворить и запереть, но и замка и петель прибить нельзя. Окончины такожде ради ветхости стекол не держат, чего ради в покоях у учеников и студентов, такожде и в классах принуждены сторожа зимою окны тряпицами и рогожами завешивать». На кухне замерзало в квашне тесто, в классах — чернила. Голодные студенты изнывали от стужи и болели цингой. «Учители в зимнее время дают лекции в классах, одевшися в шубу, разминаяся вдоль и поперек по классу, и ученики, не снабженные теплым платьем, не имея свободы встать со своих мест, дрогнут, от чего делается по всему телу обструкция и потом рождается короста и скорбут».
Некоторое время Ломоносов благоволил к инспектору гимназии Модераху, возведенному в 1759 году в звание университетского профессора истории. Он даже рекомендовал его И. И. Шувалову для составления различных экстрактов из исторических сочинений и перевода на французский язык. Но вот с 1761 года от студентов стали поступать жалобы на нерадение Модераха, на скудость содержания и однообразие пищи. Ломоносов сам занялся студенческим меню и послал распоряжение, чтобы «приготовлять явства разные» по составленному им расписанию — «студентам в обед по пяти, в ужин по три, гимназистам в обед по три, в ужин по две перемены [то есть блюда]». Обидчивый и давно помышлявший об уходе Модерах теперь уже совсем «не прилагает старания об их содержании». Когда обратились к нему с просьбами, то «он, не внимая ничего, с ругательством выгонял от себя». Узнав об этом, Ломоносов своею властью отрешил Модераха от должности и на его место назначил профессора Котельникова. Модераху же было приказано выехать из университетского дома к пасхе, а так как он стал упрямиться, то Ломоносов распорядился «в таком случае у тех покоев, в которых он жительство имеет, оконницы и двери выставить вон и тем его выехать принудить».
Ломоносов, терпевший в юности горькую нужду ради науки, принимал близко к сердцу нужды академических учеников. И у него, по его собственным словам, «до слез доходило», когда он, «видя бедных гимназистов босых, не мог выпросить у Тауберта денег». Ломоносову удалось улучшить положение гимназии. Он не только добился, своевременной выдачи денег на кошт гимназистов, но и увеличения им содержания до сорока восьми рублей в год вместо прежних тридцати шести. Он присмотрел для помещения гимназии и университета новый дом на Мойке. Ломоносов сломил сопротивление неумолимой канцелярии. Даже сам Тауберт «не казался быть тому противен». Но, улучив время, «когда Ломоносов за слабостию ног не мог толь часто в Канцелярии присутствовать», Тауберт заготовил ордер, «чтобы оный дом купить под типографию и другие дела, а университет и гимназию совсем выключил».
Ломоносову пришлось разбивать доводы Тауберта, доказывать, что под типографию и книжную лавку заняты «знатная часть академических палат и два целые каменные дома… в коих многие покои под себя занял советник Тауберт», что «анатомический театр должен быть не в жилом доме, ибо кто будет охотно жить с мертвецами и сносить скверный запах» — особенно астроному не будут приятны эти мертвецы, «когда занадобится ему итти в ночь на обсерваторию».
Ломоносову удалось с боем занять спорный дом под гимназию и университет.
19 января 1759 года Ломоносов предложил Академической канцелярии утвердить составленные им «Узаконенья» — правила поведения для гимназистов, строго наказывая «к наукам простирать крайнее прилежание и никакой другой склонности не внимать и не дать в уме усилиться», соблюдать чистоту «при столе, в содержании книг, постели и платья», запрещал «тихонько подшептывать» не знающим твердо уроки.