В Петербургской Академии наук, где иностранная речь слышалась все еще чаще, чем русская, Ломоносов сплачивал вокруг себя национальные силы. Он был окружен русскими людьми, готовыми пойти за него в огонь и в воду. Вся поголовно академическая мастеровщина, русские подканцеляристы, библиотекари, студенты, адъюнкты видели в нем своего заступника, который постоит за них в беде и не допустит неправды. В профессорском собрании русские адъюнкты дружно поддерживали все предложения и начинания Ломоносова и поднимали целую бурю, когда надо было отстаивать его дело. Ломоносов считал своим нравственным долгом помогать каждому русскому человеку, стремящемуся к науке. В течение всей своей жизни он выдвигал, растил и защищал русских ученых, стремился обеспечить им возможность развить свои дарования, создать им благоприятные условия для работы, оградить их от происков беззастенчивых иноземцев, пытающихся оттеснить их от науки. «Я сквозь многие нападения прошел, и Попова за собой вывел и Крашенинникова», — с гордостью говорил он о себе в конце жизни.
Ломоносов первый заметил и одобрил книгу Степана Крашенинникова (1711–1755) «Описание земли Камчатки», совершенно исключительную по разносторонности, наблюдательности, богатству материала, прекрасному русскому языку. В течение пяти лет он настойчиво добивался опубликования этой книги, сам производил из нее выборки для Вольтера, работавшего над историей Петра. Крашенинников не дожил до выхода в свет своего труда. Он умер 25 февраля 1755 года, через день после памятного заседания в Академии наук, на котором обсуждался новый регламент. Больной Крашенинников пришел на это заседание поддержать Ломоносова, ожесточенно защищавшего свой проект. Ломоносов не забыл верного ему по смерть друга и довел до конца издание его книги.
Ломоносов стремится к тому, чтобы в руководстве Академией наук было по крайней мере «в голосах равновесие между Российскими и иноземцами», а для того в январе 1761 года предлагает назначить членом Академической канцелярии талантливого математика, ученика Леонарда Эйлера, профессора Семена Котельникова (1723–1806), и ему «науки поверить», то есть возложить заведование научной частью. «Довольно и так иноземцы русскому юношеству недоброхотством в происхождении препятствовали», — восклицает Ломоносов. Что же касается Тауберта, то ему «не иметь никакого дела до наук», а поручить «привести в добрый порядок» библиотеку, кунсткамеру и книжную лавку.
Ломоносов хотел обеспечить русским ученым достойное место в Академии, но, стремясь провести в жизнь свою программу, встречал ожесточенное сопротивление. В одной из своих записок о положении в Академии Ломоносов утверждает, что Шумахер нередко говаривал: «Я де великую прошибку в политике сделал, что допустил Ломоносова в профессоры», а зять его Тауберт вторил: «Разве де нам десять Ломоносовых надобно — и один нам в тягость». Ломоносов яростно обрушивался на «наглых утеснителей наук», но не всегда видел стоящие за ними социальные силы.
Шумахер и его приспешники были сильны не сами по себе. Они не могли бы «завладеть» Академией, если бы их не поддерживали правящая верхушка, реакционеры и обскуранты из среды русского дворянства. Правящие классы вовсе не были заинтересованы в демократизации науки в России.
Поэтому и было так трудно бороться Ломоносову. Его усилия, направленные к обновлению Академии наук, к перестройке всей ее жизни на новых началах, встречали холодное непонимание или откровенную враждебность власть имущих. Это отчетливо сознавал и сам Ломоносов, который, составляя план своего обращения к Теплову, написал: «Стараюсь Академию очистить. А со стороны портят».
Представители правящих классов чувствовали, что Ломоносов заходит в своих требованиях слишком далеко, и потому неохотно шли ему навстречу. Ему трудно было чего-либо добиться, даже от своих признанных покровителей. Но Ломоносов не складывает оружия. Он сам говорит о себе, что получил в дар от природы «терпение и благородную упрямку и смелость к преодолению всех препятствий к распространению наук в Отечестве, что мне всего в жизни дороже» (письмо к Теплову от 30 января 1761 года).
Настойчивость и упорство Ломоносова не ослабевают, невзирая ни на какие препятствия. Он подает одну за другой докладные записки, планы, проекты, доношения, рапорты, постоянно напоминает о них, следит за их судьбой. Он обращается в сенат и к Разумовскому, осаждает своими требованиями Академическую канцелярию и собрание профессоров. Он стучится во все двери, обращается к своим покровителям и к своим недругам, пишет горячие послания вельможам и академикам. «Одобрите мое рачение к размножению в Отечестве природных ученых людей, в которых не без основания видим великий недостаток», — пишет он М. И. Воронцову 30 декабря 1759 года.