Королева Елизавета, сменившая Марию на троне, тоже часто бывала в этом дворце — в Уайтхолле она занималась государственными делами, а в Сент-Джеймсе отдыхала. В 1564 году Роберт Дадли, фаворит и близкий друг Елизаветы, получил титул графа Лестера, и это событие там пышно отпраздновали. В Сент-Джеймсе же, в 1588 году, Елизавета получила известие о разгроме испанской Великой Армады, идущей на Англию. Молитвы королевы были услышаны — страна была спасена, остатки испанской флотилии с трудом вернулись обратно.