Вода является основным потенциальным хранителем и носителем загрязняющих веществ, поэтому к сильному нарушению экологического равновесия в природе приводит загрязнение рек, озер, прудов и других водоемов. Характерно, что само по себе водопользование не наносит и не наносило бы ущерба, если бы вода поступала обратно в том же объеме и туда же, откуда она бралась. Но в том то и дело, что она во многих случаях берется безвозмездно, а в тех случаях, когда возвращается, то чаще всего совсем не такой, какой была прежде, а имеющей совершенно другой химический состав, причем нередко становится губительной для всего живого, обитающего в водоемах. На химических и некоторых других предприятиях воду, например, перед употреблением предварительно обрабатывают, удаляют или добавляют те или другие вещества. Вода засоряется, меняет химический состав и тогда, когда ею пользуются в качестве растворителя, реакционной среды, транспортирующего средства, для нагревания или охлаждения продуктов и аппаратуры, для мытья продуктов, оборудования, материалов, тары и т. д. Даже тогда, когда воду после употребления пытаются очистить, она все же попадает в природные источники в совершенно ином, чем прежде, качестве. А сточной воды образуется очень много. В настоящее время только в Молдавии хозяйственно-бытовые и промышленные стоки перешагнули рубеж: 500 млн. м3 в год. При этом установлено, что в каждом литре сточных вод может содержаться от нескольких сотен тысяч до многих миллионов кишечных палочек.
Промышленные предприятия сбрасывают стоки, содержащие большое количество органических веществ, различных кислот, щелочей, солей тяжелых металлов, которые вызывают гибель микроорганизмов ила и снижают способность воды самоочищаться, выводят из строя действующее начало комплекса биологической очистки.
Не решен пока вопрос и с утилизацией промышленных и бытовых отходов, особенно полимерных материалов. Между тем полимеры не разлагаются и засоряют не только землю, но и реки, пруды, озера, морские побережья. В число загрязнителей входят патогенные организмы, паразиты животных, биологически активные вещества, природные соединения и искусственно синтезируемые вещества.
В период весеннего снеготаяния, дождей, во время искусственного орошения с поверхности почвы смываются различные загрязняющие вещества. В условиях же Молдавии, где 80 процентов территории приходится на склоны, процент ливневых стоков весьма велик. Так, по подсчетам специалистов с территории Молдавии только водной эрозией сносится примерно 2,5 миллиона тонн земли. Вместе с ней уносятся от 10 до 25 процентов вносимых на поле удобрений и других вещеста Смытая почва, удобрения и ядохимикаты сильно загрязняют реки и водоемы.
Попадание пестицидов в водоемы ведет к гибели рыбы, обеднению или исчезновению популяций зоопланктона, водорослей. Загрязнение же водоемов удобрениями способствует размножению сине-зеленых водорослей, которые потребляют большое количество кислорода и заполняют водоемы.
Под влиянием хозяйственной деятельности человека происходят также изменения естественных природных процессов, таких как оползни, эрозия, засухи, испарения и т. д.
На окружающую среду, водоемы и их гидрологический режим оказывают влияние и неблагоприятные природные явления: суховеи, грозы, наводнения, град, гололед, заморозки, туманы, метели, паводки, заторы, заиления, селевые потоки и прочее. Разумеется, подобные явления существовали в природе, как говорится, испокон веков, и она спокойно, терпеливо переносила их. Но если когда-то только они оказывали воздействие на водоемы и их обитателей, то теперь в век бурной научно-технической революции и все усиливающейся хозяйственной деятельности человека, отрицательная нагрузка на водоемы во много крат возросла. Конечно, человек сейчас делает многое, чтобы как можно меньше нанести вреда природе и в конечном итоге свести его на нет. Но все природоохранные мероприятия, которые в настоящее время разрабатываются и осуществляются, относятся пока в основном к нейтрализации или устранению вредных последствий хозяйственной деятельности, а, например, неблагоприятные природные факторы остаются еще без должного внимания. Ведь не секрет, что нет до сих пор конкретных рекомендаций по предотвращению вредных воздействий стихийных и других явлений природы на самое себя и на водную среду, нет четких рекомендаций и по ведению хозяйства в целом и водного в частности с учетом этих неблагоприятных факторов.