Яковлеву припомнили всю его предшествующую деятельность. В 1922–1923 гг. он был заведующим подотделом печати в Агитпропе ЦК РКП(б). В это время в издательстве «Красная Новь» была опубликована статья Л.Д. Троцкого «Уроки Октября». В одном из домов на улице Грановского, где жили советские сановники, в период с 1928 по 1936 год он проживал на одной лестничной площадке с Пятаковым, что стало компрометирующим обстоятельством.
Яковлев принял активное участие в поиске троцкистов и ликвидации последствий «вредительства» во время своих инспекционных поездок, например, в Белоруссию. Но следствие трактовало это как уловку Яковлева, который приносил в жертву отдельных оппозиционеров, сохраняя основные кадры.
Рассматривалось и то, как он оценивал некоторых высших руководителей. Так, на его взгляд, Жданов не соответствовал требованиям государственного деятеля и его выдвижение — случайное явление. Кроме того, Яковлев критиковал политику Сталина в области сельского хозяйства, рассуждая в узком кругу о необходимости предоставления большей самостоятельности колхозам, недостаточном материально-техническом снабжении деревни, низкой эффективности совхозов (ЦА ФСБ России. АСД Р-8628).
Вместе с тем в протоколах допросов Дудникова, Половинкина, помощника Яковлева, упоминались фантастические факты о подготовке покушения на Сталина в ходе заседания Политбюро при утверждении государственного плана по животноводству. Дудников якобы спрятал револьвер в стол, но не смог осуществить покушение и после заседания вернул револьвер Половинкину.
Резкое сокращение количества поголовья скота из-за недостатка кормов объяснялось следователями не иначе как сознательным срывом его поставок (ЦА ФСБ России. АСД Р-9924).
Заведующий сектором сельхозотдела Ф.М. Иосифовов на совещании стахановцев-льноводов в марте 1936 г. якобы упоминал успешных руководителей, которые оказались в дальнейшем троцкистами.
Заместитель начальника отдела сельского хозяйства Госплана СССР ПА Месяцев с 1906 г. участвовал в революционном движении, был арестован царским правительством, 10 месяцев провел в тюрьме, затем провел 2 года в ссылке. Начинал революционную деятельность в меньшевистском крыле РСДРП. В 1923 г. подписал «заявление 46-ти» (ЦА ФСБ России. АСД Р-9460). В процессе своей работы в Госплане Месяцев позволял себе критически относиться к политике партии в области сельского хозяйства, считая ее насилием над крестьянами. Эту тему он обсуждал с бывшим заместителем председателя Госплана СССР АИ. Гайсте- ром. Бывший член партии «Поалей Цион» Гайстер, в свою очередь, заявил на собрании работников обувной фабрики в Рогожско-Симоновском районе Москвы в 1923 г., что травля Троцкого усиливает разногласия в партии.
Поиски участников правотроцкистских организаций постепенно приводили к арестам представителей высшей партийной номенклатуры. Еще до июньского (1937) Пленума ЦК ВКП(б) Ежову фактически дана была санкция на получение показаний о руководителях любого ранга. Арест крупного партийного работника в свою очередь всегда сопровождался расширением круга арестованных. Так, например, вслед за секретарем Дальневосточного крайкома ВКП(б) И.М. Варейки- сом был репрессирован и председатель крайисполкома ДВК П.К. Легконравов.
Еще в конце июня Сталин направил Варейкису показания ранее работавшего под его началом одного из арестованных секретарей обкома партии. Тот вспоминал, что Варейкис давал нелестную характеристику Сталину, отмечал его тяжелый характер, когда люди чувствуют себя несвободными и в чем-то виноватыми. По мнению Варейкиса, Сталин выдвигает на руководящие должности неспособных людей, а его — одного из «могикан» — недооценивает. Уже через несколько дней Варейкис оправдывался перед Сталиным.
Сначала репрессии в Дальневосточном крае обрушились на местных руководителей, участвовавших в 1936 г. во встрече с посетившим край наркомом связи СССР Рыковым. Имя Варейкиса звучало в показаниях большинства арестованных. Попытки Варейкиса приостановить размах репрессий, когда без его согласия арестовали одного из секретарей обкома партии, ни к чему не привели. Из Центра он получил ответ, что все согласовано с ЦК.
В октябре 1937 года Варейкис был арестован. Далее были получены показания о тесном взаимодействии членов «правотроцкистской организации», руководителем которой якобы являлся Варейкис, с участниками «военно-фашистского» заговора. Аресты руководства ОКДВА, ТОФ, Приморской группы войск, Амурской военной флотилии были увязаны с показаниями Варейкиса. Следователи НКВД включили в них сюжет о том, что после назначения Варейкиса секретарем Дальневосточного крайкома он в конце 1936 г. встречался в Москве с завотделом сельского хозяйства Яковлевым. Тот передал Варейкису исходившую от Гамарника информацию о руководящих партийно-советских кадрах — участниках заговора. В их число входили бывший командующий Тихоокеанским флотом М.В. Викторов, член Военного совета РККА Тихоокеанского флота Г.С. Окунев (ЦА ФСБ России. АСД Р-23510. Т. 7. Л. 810).