Ответвлением «военно-фашистского заговора» стал и сфабрикованный в НКВД «заговор» в финансовых органах РККА Основаниями для ареста начальника финансового отдела НКО бригинтенданта, члена ВКП(б) с 1921 г. З.Д. Пер- цовского послужила предшествующая деятельность (см. Док. №№ 14, 16). После окончания Гражданской войны он с 1923 г. работал в Политуправлении Красной Армии и поддерживал взгляды Троцкого, голосовал за троцкистскую резолюцию, но затем отошел от его платформы. В конце 1920-х гг. перешел на службу в финансовые органы Наркомата обороны, а в апреле 1936 г. был назначен начальником финансового отдела НКО. В разговорах с сослуживцами высказывал негативное отношение к гонениям на бывших участников оппозиционных групп в партии после убийства С.М. Кирова.
После ареста на протяжении 6 дней он не давал показаний. Однако следователи, используя физическое насилие, заставили его признаться, что он был завербован в «военно-фашистский заговор» Гамарником. По примитивной логике следователей Гамарник дал указание Перцовскому связаться с бывшими партработниками, которые к этому времени служили в финансовых органах НКО. Ими оказались начальники финансовых отделов Белорусского военного округа интендант 1-го ранга Л.М. Гребенник, Северо-Кавказского округа Косьмин и УВВС РККА Кузьмин. Таким образом, первое направление обвинений строилось на основе их прошлой партийно-политической карьеры после Гражданской войны и связи с Гамарником, который, несмотря на самоубийство, был представлен органами НКВД Сталину как руководитель заговора в Красной Армии.
Вторым направлением стали обвинения в конкретных «преступлениях» по роду службы. Значительная часть кредитов по плану заказов вооружений и боевой техники из-за невыполнения промышленностью программы оставалась неизрасходованной. По основным видам вооружений (самолеты, корабли, моторы и др.) количественные показатели утверждались правительством, а по другим, так называемым неосновным, нарком обороны мог использовать средства из-за невыполнения планов. Главный финансист Наркомата обороны давал заключения о возможности использовать эти денежные средства. Перцовский обвинялся в том, что начинал финансирование до составления титульных списков. Когда некоторые объекты в дальнейшем не включались в титульные списки, невозможно было вернуть истраченные денежные средства.
Вряд ли можно было поставить в вину и то, что именно финансовые органы создавали напряженную обстановку среди строительных рабочих и вызывали их недовольство задержками зарплаты или неполной оплатой их труда. Перцовский опровергал эти бредовые обвинения. Он отмечал, что смета на строительство, включенное в титульный список, всегда была ниже реально затраченных сумм, и при выполнении плана на 100 % финансовые органы не могли самостоятельно обеспечить дополнительный расход средств.
Существовавшие в системе Наркомата обороны строительные батальоны должны были содержаться за счет полной самоокупаемости. Но в реальности из-за невыплаты подрядчиками зарплаты, в т. ч. и из-за невысокой производительности труда в стройбатах, их содержание происходило за счет продовольственных и вещевых фондов Наркомата обороны. Эти формы финансирования были признаны незаконными. Низкая эффективность работы стройбатов и различные формы их поддержки руководством НКО ставились в вину финансистам Наркомата обороны.
В области вложения средств в научно-исследовательскую работу Перцовский якобы стремился парализовать деятельность институтов, разрабатывавших новые образцы боевой техники и вооружений. Недофинансирование науки также нельзя ставить в вину ему лично. Он отмечал в своих показаниях, что нарком обороны Ворошилов ставил вопрос о больших расходах на научно-исследовательские и испытательные работы и низкой отдаче в выполнении планов. Отдельные недостатки в деятельности финансовых органов безусловно имелись.
В течение 1936 и 1937 финансовых годов омертвлялись порядка 300 млн рублей, которые были переданы Наркомату обороны. То есть финансирование осуществлялось на основе штатных расчетов личного состава, хотя существовал некомплект командного и начальствующего состава РККА. Но стремление получить как можно больше финансовых средств было характерно для любого ведомства.
К недостаткам относилась запутанность в вопросах выплаты денежного содержания военнослужащих. После принятия основного положения «О денежном довольствии личного состава РККА» в 1933 г. за 4 последующих года было принято более 500 дополнений в виде приказов, циркуляров, разъяснений, и часто сами финансисты не могли разобраться в этих вопросах, что вело к волоките и, соответственно, к недовольству военнослужащих.
В ОКДВА были выявлены факты, когда полученные в результате хозяйственной деятельности более миллиона рублей были истрачены на содержание аппарата армии.
В ходе следствия круг обвиняемых расширялся, туда включались начальники финотделов от западных военных округов до Дальнего Востока.