Суда находились в ремонте длительный период. Приводился пример с судами Каспийского пароходства «Багиров» и «Тельман», ремонтировавшимися с 1932 г. Недостаточное развитие портового хозяйства привело к тому, что огромное количество недостаточно грузоподъемных нефтеналивных судов скопилось у Махачкалы и они долго не разгружались. В итоге не было завезено около 500 тыс. тонн нефти для переработки. Такая ситуация объективно объяснялась руководителями Наркомвода ограниченными средствами, выделяемыми на строительство ремзаводов и ремонт судов.
В период активизации преследований бывших троцкистов и членов небольшевистских партий в ноябре 1936 г. был арестован начальник группы эксплуатации НКвода И.А. Сергеев. С 1901 по 1918 г. он был членом меньшевистского крыла социал-демократической партии. Он достаточно критично оценивал советскую действительность, отмечая, что за 17 лет мало сделано для нормальной жизни людей. Процесс 1936 г. он рассматривал в качестве прикрытия негодной политики Сталина, осуждал отсутствие демократии в стране, невозможности высказать свое мнение. В марте 1937 г. под давлением следователей он начал давать показания о якобы участниках заговорщической организации.
Руководство Наркомвода обвиняли и в финансировании Троцкого. В 1935 г. советские суда ремонтировались в 6 зарубежных пароходных агентствах (Стокгольм, Гамбург, Роттердам и др.). Была придумана история о том, что определенные скидки за ремонт в размере 6 тысяч гульденов были переданы заместителем начальника Балтийского морского пароходства А.Ф. Петерсоном представителю Седова. Одновременно Петерсон обвинялся в том, что во время шторма в Балтийском море в 1935 г. затонул пароход «Донец» и погибли 31 человек экипажа.
Став наркомом водного транспорта, Ежов сразу дал указание об аресте заместителя наркомвода Г.Г. Кучерова. Это был профессиональный моряк, окончивший в 1913 г. Александровскую морскую школу по специальности «судоводитель». В 1936 г. он участвовал в морской экспедиции по проводу судов из Балтики через Северный морской путь во Владивосток. Летом 1937 г. по предложению предыдущего наркома водного транспорта Пахомова Кучеров был назначен заместителем наркома водного транспорта. Его обвиняли в неудовлетворительном ремонте судов. На Одесском судоремонтном заводе ждали своей очереди более 40 кораблей. Был затянут с 1933 г. ремонт судов, поднятых со дна Черного моря ЭПРОНОМ.
В феврале 1938 г. из-за невозможности доставить горючее для ОКДВА по железной дороге был использован водный транспорт. Но танкер «Союз водников» из-за плохих винтов, не дойдя до Владивостока, потерял лопасти. Пришлось потратить валютные средства на фрахт судна и доставку горючего из Калифорнии.
При обыске в квартире Кучерова было обнаружено письмо с благодарностью от представителя германской компании, осуществлявшей транзит грузов из Германии в Персию. Этот факт был использован для обвинения Кучерова в шпионаже в пользу Германии (ЦА ФСБ России. АСД Р-23543).
Сотрудники органов госбезопасности представили секретной пятерке одно из ответвлений военно-фашистского заговора, якобы существовавшего в Гражданском воздушном флоте. 29 января 1938 г. Ежов подписал санкцию на арест начальника Главного управления Гражданского воздушного флота комкора И.Ф. Ткачева. К этому времени на Ткачева было получено значительное количество показаний, и его арест завершал процесс практически полной смены высшего руководства Гражданского воздушного флота (см. Док. № 10).
Компрометирующие материалы на Ткачева, делегата X и XV съездов партии, голосовавшего за генеральную линию партии, подготавливались по нескольким направлениям. В показаниях арестованного в ноябре 1937 г. бывшего начальника Разведупра Урицкого отмечалось, что до 1934 г. Ткачев являлся заместителем начальника ВВС РККА, а затем был назначен руководителем ГВФ при активном содействии Якира — одного из основных фигурантов т. н. военно-фашистского заговора. По указанию Гамарника Ткачев назначил начальником Политического управления ГВФ Тризну, который был тесно связан с покончившим жизнь самоубийством начальником ПУ РККА. В итоге Ткачев становился одним из неразоблаченных «заговорщиков» в Красной Армии.
В 1935 году он совершил поездки в Германию, Италию и Францию для изучения авиационной техники в этих странах и использования их опыта в СССР. Бдительный военный атташе по авиации во Франции ранее сообщал в Центр, что во время пребывания в Париже Ткачев добивался несанкционированной встречи с начальником французского Генерального штаба. Он также подчеркивал в своем письме, что никаких указаний советского правительства о такой встрече не было. Это могло послужить косвенным свидетельством для обвинения его в шпионской деятельности в пользу французской разведки.