При каждом особом отделе по охране границы находился штаб войскового соединения или части (группы, дивизии, бригады) выделенных для охраны определенного участка государственной границы. Командиры соединений и частей в оперативном отношении выполняли все требования начальника особого отдела, а во всех остальных отношениях подчинялись непосредственно командующему ВНУС республики.
Вместе с тем активные боевые действия против крупных вооруженных банд на границе требовали временного привлечения дополнительных сил, так как войска внутренней службы, выделенные для охраны границы, с этими задачами не справлялись.
Все эти обстоятельства спустя два месяца после принятия постановления СТО потребовали внести в него некоторые изменения. 15 января 1921 г. состоялось совещание представителей военного ведомства и ВЧК (под руководством Ф.Э. Дзержинского), которое приняло постановление об усилении охраны границы за счет увеличения контингента войск, улучшения их вооружения и снаряжения. Комиссия, в составе которой кроме Ф.Э. Дзержинского входили И.С. Уншлихт, С.С. Каменев, М.Н. Тухачевский, своим решением определила численность войск по охране границы в 50 тысяч человек, одну шестую часть должна была составлять конница[451]
.Постановлением Совета Труда и Обороны от 19 января 1921 г. все части и отряды, находящиеся в ведении ВЧК, в том числе и охраняющие границу, сводились в особые войска — войска ВЧК, на которые наряду с другими задачами была возложена и охрана государственной границы. В развитии указанного постановления приказом Реввоенсовета Республики и ОГПУ от 24 января 1921 г. было определено, что все части и отряды бывших войск ВНУС, несущие службу по заданию чрезвычайных комиссий, а также отряды особых отделов ВЧК при частях Красной армии и войска по охране границы с их штабами передаются в ведение Всероссийской чрезвычайной комиссии с исключением из списков Красной армии.
Проведенной в сентябре 1922 г. реорганизацией пограничной охраны, путем создания в составе ГПУ Отдельного пограничного корпуса, было достигнуто только объединение подчинения органов пограничной охраны одному ведомству. В работе же такого объединения не было, так как руководство всей агентурно-осведомительной работой, оперативной службой, а также службой пограничного надзора было сосредоточено в пограничных отделениях, а непосредственное управление находившимися на охране границы войсками ГПУ осуществлялось в Штабе войск ГПУ.
Так, разделенность пограничной охраны на оперативную и войсковую, при наличии двух параллельно существующих аппаратов, несмотря на оперативную подчиненность войск органам, вскоре также показала свою нежизнеспособность.
Продолжая параллелизм в работе, а вследствие этого столкновение интересов и трения между этими аппаратами, она не давала возможности использовать все силы пограничной охраны. Хотя возникшие на почве двойственного подчинения недоразумения и трения между этими двумя аппаратами и разрешались авторитетом вышестоящих инстанций, само наличие недоразумений и трений указывало на необходимость объединения оперативного и административно-строевого руководства в одних руках.
Кроме указанных соображений поводом, к реорганизации служили и чисто практические соображения: практика работы пограничной охраны с достаточной убедительностью показала, что военная организация, принимая во внимание существующие условия и обстановку, не обладает достаточной гибкостью и возможностями своевременно предупредить и обеспечить невозможность нарушения границы.
Только оперативная деятельность, только данные агентурно-осведомительной работы, своевременно реализованные войсковой силой, могли обеспечить безопасность границы.
В целях изжития параллельности в работе и подчинении, а также в целях устранения имевших место трений между оперативными и строевыми командирами и начальниками, в сентябре 1923 г., начальникам пограничных отделений были присвоены все права строевых начальников частей, несущих охрану границы в пределах участка, состоящего в ведении пограничного отделения, с возложением на начальника пограничного отделения полной ответственности за боевую, строевую и специальную подготовку войск и общее состояние охраны границы.
Одновременно с этим, командиров и комиссаров пограничных частей войск ГПУ было предложено полагать соответственно помощниками начальника пограничного отделения по строевой и политической части.
Объединение руководства пограничными частями в лице единого оперативного работника органов ГПУ — начальника пограничного отделения, с придачей ему командиров и комиссаров пограничных частей, как помощников по соответствующим отраслям работы, не изменило внешних форм управления пограничными частями.
Необходимо было провести новую реорганизацию, в результате которой весь личный состав строевых подразделений был приближен к непосредственной работе органов ГПУ, а не являлся бы лишь воинской, подсобной для органов ГПУ силой.