Установлено, что, являясь оперативным резервом войск НКВД и войск Московского гарнизона, Школа выполняла различные служебно-оперативные задания. Так, в соответствии с приказанием начальника Управления оперативных войск НКВД СССР № 12/4/0017 от 26 июня 1941 г. Высшая школа войск НКВД приняла под охрану участок линии правительственной связи на участке Москва — Ржев, для чего был выделен взвод из состава роты связи батальона обслуживания школы в количестве 19 человек под командованием командира взвода лейтенанта Н.И. Лаптева. Личный состав этого взвода самоотверженно нес службу по охране порученного участка связи и неоднократно восстанавливал его после ожесточённых налётов авиации противника[414]
.Осенью 1941 г., когда над Москвой нависла наибольшая опасность, школа получила боевую задачу охранять и оборонять участок в северо-западном секторе Западного фронта в границах справа — Ленинградское шоссе до города Клин; слева — Хорошево — Москва-река до города Звенигород. Позже выполняла задачу по охране подступов к Тушинскому аэродрому. Была сформирована 2‑я дивизия особого назначения, в которую вошли Высшая школа войск НКВД и Военно-техническое училище им. В.Р. Менжинского. Командовал дивизией генерал К.Р. Синилов.
Тысячи её воспитанников были направлены на передовые позиции, в войска по охране тыла действующей армии и на другие участки борьбы с врагом. Участвуя в боях на фронте, выполняя задания командования на других участках оперативно-боевой работы, многие воспитанники школы проявили себя способными командирами, умелыми организаторами.
22 июля 1941 г. немецкая авиация впервые бомбила Москву. Била зенитная артиллерия, гулко падали осколки снарядов, натужно ревели моторами пролетавшие самолёты, у Белорусского вокзала загорелся склад. Организованно прибыв к месту пожара, 200 слушателей школы приняли непосредственное участие в тушении пожара. В течение пяти часов огонь был потушен[415]
.3 октября 1941 г. Москва переживала самые тревожные за всю войну дни: враг вплотную подошёл к столице. Истребительные батальоны, возглавляемые пограничниками школы, были сведены в четыре стрелковые дивизии и получили задачу оборонять город в районе Химок и далее на северо-западной и южной окраине до Подольского шоссе. До 19 октября они возводили два оборонительных рубежа, состоявшие из дотов, дзотов, траншей и ходов сообщений. В самом городе возводились баррикады. Комендантом укреплённого района, прикрывающего подступы к Москве с запада, назначен полковник Д.В. Крамарчук
В начале октября 1941 г. было принято решение об эвакуации из Москвы части партийных и правительственных учреждений, дипломатического корпуса и оборонных предприятий. Началась паника среди населения, участились случаи мародерства и грабежей. Для поддержания порядка, 6 октября 1941 г. был сформирован полк Высшей школы войск НКВД, который возглавил начальник школы полковник Н.В. Смирнов. На комплектование полка в распоряжение школы прибыло 650 человек личного состава московских тюрем и вахтерские команды по охране зданий НКВД. Полк входил в состав 2‑й мотострелковой дивизии особого назначения НКВД, но уже 20 октября 1941 г. был расформирован[416]
.С 20 октября в Москве и прилегающих районах вводится осадное положение. На подступах к столице действовало до 50 частей пограничных и внутренних войск НКВД. Возникла необходимость привлечения и личного состава Школы. В период осадного положения в Москве он принимал активное участие в оперативных мероприятиях по борьбе с диверсантами, дезертирами, распространителями панических слухов. Так, 74 человека из числа преподавателей и слушателей поставлены во главе истребительных батальонов, 29 человек назначены на руководящие должности в соединениях войск НКВД, направляемых в Действующую армию. Во всех районах города обстановка потребовала сформировать специальные комендатуры. Их возглавили 7 преподавателей школы.
Весь октябрь шли жестокие бои у стен столицы. Вместе с бойцами и командирами Красной армии столицу защищал весь личный состав Высшей школы. Учёба фактически не велась, а были напряжённая служба, непрерывные бои, бессонные ночи и изнуряющий труд на строительстве оборонительных сооружений.
Установлено, что в составе курсантского дивизиона младших лейтенантов в боевых действиях под Москвой принимал участие будущий начальник Пограничных войск — заместитель председателя КГБ СССР, Герой Советского Союза генерал армии В.А. Матросов. Он учился в школе с июня 1941 г. по март 1942 г, воевал в составе 73‑го пограничного полка на Карельском фронте. В 1944 г. В.А. Матросов награжден медалью «За оборону Москвы».