Избрание нового папы, казалось, позволяло заключить перемирие. Оно давало возможность Чезаре вернуться в Рим с эскортом из двухсот пятидесяти всадников и трехсот пехотинцев. Затишье оказалось коротким, поскольку 18 октября новый глава Церкви отдал Богу душу. Людовик XII тогда бросил своего «кузена» и предложил князьям д'Эсте свою поддержку, чтобы добиться развода с Лукрецией, которая, утверждал он, на самом деле не является женой Альфонсо, поскольку брак этот был ему навязан (хотя сам король Франции способствовал его заключению). Д'Эсте отказались от этого предложения по двум причинам. Во-первых, Чезаре по-прежнему был могущественным, во-вторых, Эркуле и Альфонсо, как и прежде, были по-настоящему привязаны к дочери Александра VI.
Испытания сделали молодую герцогиню Феррарскую более прозорливой. Избрание Юлия II, заклятого врага ее отца, не предвещало спокойствия. Она знала, как ненавидит он их семью и что злоба его не станет меньше от того, что сейчас он оказался на вершине славы. Лучше ей поддержать брата, несмотря на то, что он заставил ее страдать, тем более что он фактически оставался единственным надежным защитником двух ее сыновей, Родриго и римского инфанта. Кроме того, чтобы помочь ему удержать государства, еще хранившие ему верность, она воспользовалась своими личными средствами и сумела завербовать тысячу пехотинцев и сто пятьдесят лучников под командованием испанца Педро Рамиреса. Необходимо было защитить Чезену и Имолу, которым угрожали солдаты Светлейшей республики. В свою очередь, предпочитая видеть Романью в руках Борджа, нежели в руках венецианцев, Эркуле д'Эсте по просьбе Лукреции отправил Пандольфо Колленуччо, чтобы он призвал население хранить верность Чезаре, к великому раздражению Большого Совета и дожа Леонардо Лоредана. Чезаре по-прежнему терроризировал сеньоров этих земель и хотел влиять на них через д'Эсте, чтобы держать в почтении Венецию.
Если в свое время Чезаре считался самым красивым мужчиной своего времени, то теперь это был просто мускулистый хищник с волосатым телом, его лицо было обезображено красными пятнами и прыщами. Таков был результат лечения, предписанного врачом Торелла, который, чтобы сбить температуру, обернул его еще трепещущими внутренностями мула, а затем окунул в чан с ледяной водой.
Несчастья, постигшие ее брата, и избрание Юлия II, о ком римляне говорили: «У нас есть папа лишь до полудня, после этого часа Его Святейшество пребывает в виноградниках Господа», — не предвещали ничего утешительного в будущем для детей Лукреции. После смерти Александра VI семейство Гаэтани вновь овладело Сермонетой, а Асканио Сфорца отвоевал Непи. Маленький герцог Бишелье, благодаря этому титулу находившийся под защитой Испании, не был уверен в своей безопасности. Знатные римские семейства вооружали свои войска, а испанцы, которым в свое время покровительствовал папа Борджа, опасаясь репрессий, покидали свои дворцы. Двери тюрем открывались, выпуская на свободу политических узников, равно как и обычных заключенных. На улицах каждый день находили и подбирали дюжины трупов. Ватикан был окружен баррикадами.
Лукреции хотелось бы, чтобы ей в Феррару привезли Родриго. 8 сентября Костабили, казалось, утвердил этот план: «Сегодня утром я говорил с наставником сеньора Родриго, он сказал мне, что тот еще не совсем выздоровел от четырехдневной лихорадки, но ему гораздо лучше, и как только он будет в безопасности, наставник привезет его в Феррару». Это означало самообольщаться. Но все-таки Лукреции пришлось отказаться от присутствия столь дорогого ее сердцу сына в Ферраре по многим причинам. Прежде всего потому, что многочисленные выкидыши еще не позволили ей дать наследника своему супругу, затем из опасения, что в Ферраре этот молодой принц в один прекрасный день может нарушить порядок наследования герцогской короны, наконец, потому, что она осознавала уязвимость Борджа после того, как от них отвернулись Священная коллегия, знать и народ. Амбициозный замысел ее отца расширить Папскую область, чтобы превратить ее в сильнейшую державу полуострова, рухнул. От этого блестящего проекта остались лишь пепел и дым.
Учитывая серьезность обстоятельств, кардинал Козенцы, опекун Родриго, предложил Лукреции отвезти ребенка в Испанию, и ее свекор Эркуле в своем учтивом, но решительном письме недвусмысленно подтвердил, что он одобряет этот план, и вынудил ее принять его.