24 июня 1512 года герцог Феррарский, оставив управление городом на Лукрецию и кардинала Ипполито, вместе с Фабрицио Колонна отправляется в Рим. Они приезжают в Рим 1 июля и останавливаются во дворце Сиджизмондо Гонзага. Федерико Гонзага, племянник Альфонсо, живущий в Риме на правах заложника, сообщает им обнадеживающие новости о настроении папы. Вначале, казалось, все идет как надо. 9 июня Альфонсо, одевшись соответственно случаю (все-таки он шел каяться), отправился в консисторию, чтобы предстать перед папой. Последовала одна из тех сцен покаяния, которые устраиваются во имя Божественной силы и, следовательно, не оскорбляют достоинства кающегося. После долгих мучительных дней, проведенных в неопределенности, прощение понтифика вызвало у Альфонсо слезы облегчения. Отлучение от церкви было снято со всех членов семейства д'Эсте и с герцогства в целом; церемония закончилась ужином в доме кардинала Луиджи Арагонского. Теперь оставалось только выяснить условия мирного договора.
Когда папа выставил условия, стало ясно, что ни о каком послаблении не может быть и речи. Освобождение дона Ферранте и дона Джулио оказалось самым простым из выдвинутых условий (хотя Изабелла ратовала за освобождение младших братьев, в данной ситуации это условие казалось ей «неподходящим»). Но это было ничто по сравнению с основным требованием. Альфонсо должен отказаться от Феррары в пользу папы, получив взамен Асти. Это означало крах династии д'Эсте, а на это Альфонсо никогда не согласился бы. Герцогу не оставалось ничего другого, как бежать из Рима и укрыться в Марино, крепости Колонна, прекрасно известной папе, поскольку ему самому часто приходилось скрываться там во времена Александра VI. В то время как Юлий II изрыгает проклятия на голову герцога, семья Колонна отплачивает Альфонсо за гостеприимство, которое он в свое время оказал главе их семьи, скрашивая его вынужденное заточение охотой и веселыми пирушками. Но пора приниматься за дело. Ал ьфонсо пишет в Феррару, что в скором времени вернется домой.
В конце августа в Бари от болезни умирает тринадцатилетний сын Лукреции Родриго Арагонский, герцог де Бисельи. Узнав страшную новость, Лукреция немедленно удаляется в монастырь Сан Бернардино, но эту рану исцелить непросто.
Лукреция всегда помнила о своем маленьком сыне, и Григоровий только по причине душевной глухоты мог обвинять ее в отказе от сына. Разве могла она забыть об этом необыкновенном свидетельстве любви между ней и герцогом де Бисельи! Даже находясь в разлуке с сыном, Лукреция продолжала нежно заботиться о нем; в архиве д'Эсте хранятся документы, свидетельствующие о привязанности герцогини к Родриго. Она назначала управляющих, следила за тем, как они ведут дела в герцогстве Бисельи и, если ее что-то не устраивало, меняла управляющих.
Лукреция не ограничивалась заботами о герцогстве; не в меньшей степени она заботилась о ребенке. С самого раннего возраста Родриго был передан на попечение веселой и простодушной няне Катерине. Отправляя подарки сыну, Лукреция никогда не забывала о Катерине. Из расходных книг Лукреции видно, какие подарки делались тем, кто опекал ее маленького сына: вышитые рубашки, бархатные камзолы, шелковые шляпки, игрушки и детские шпаги из позолоченного дерева в отделанных бархатом ножнах. Пожалуй, чаще всего Лукреция посылала подарки Изабелле Арагонской, герцогине Бари, при дворе которой рос маленький Родриго. Великолепная экс-герцогиня Миланская заботилась не только о сегодняшнем дне ребенка, но и о его будущем. Энергичная и откровенная, она содержала один из известнейших дворов, где смело бросала вызов надвигающейся старости. Она часто бывала в Неаполе и, вероятно, брала с собой сына герцогини Феррарской. Лукреция и туда посылала подарки. Самый оригинальный подарок Лукреция сделала дочери Изабеллы – красавице Боне Сфорца, впоследствии ставшей королевой Польши. Это была кукла – «маленькая деревянная девочка, копия настоящей», одетая как Лукреция. Спустя несколько лет Франциск I отправит Изабелле д'Эсте такую же куклу, только «одетую как маркиза».
Лукреция ужасно тосковала по сыну. В 1504 году она попыталась привезти его в Феррару. Увы, из этого ничего не вышло. Известно, что 24 июля 1506 года Лукреция собиралась поехать в Лорето, чтобы встретиться с герцогиней Бари и маленьким Родриго и забрать ребенка с собой в Феррару. Но именно в то лето был раскрыт заговор дона Джулио, и не могло быть и речи ни о каких поездках.
Теперь же Лукреции оставалось только плакать и молиться. Кардинал Ипполито навещал ее в монастыре, ине было никакого способа скрыться от него. Она должна была выслушивать его равнодушные соболезнования и делать вид, что радуется скорому возвращению Альфонсо. Кроме того, пора было заняться траурной одеждой, и ей пришлось принимать портних. И наконец, следовало распустить маленький двор герцога де Бисельи в Бари и вступить в наследство.