Между тем занятия в Морском училище шли своим чередом. Занятия эти проводились по-прежнему не слишком-то организованно, однако дело все же улучшалось. Постепенно из разрозненных предметов сложилась определенная учебная программа. Она оказалась (да и теперь не может не показаться) довольно солидной: было много математики и естественных дисциплин, не оставлены иностранные языки и гуманитарные предметы. Конечно, для освоения этого большого курса от кадетов требовалась немалая самодисциплина, а не все ею обладают. В таких условиях освоить обширный круг преподаваемых предметов могут лишь целеустремленные и волевые ученики. Макаров принадлежал к их числу.
Впрочем, один вид занятий в училище был поставлен превосходно: морская практика. Каждое лето ученики старшего класса уходили в море на «настоящих» (а не учебных!) кораблях. Возвращались они только поздней осенью, с концом навигации на Амуре. Первые два года Макаров провел лето на берегу. Наконец настал и его черед отправиться первый раз в жизни в морское плавание. Случилось это 17 мая 1861 года: на винтовом клипере «Стрелок» двенадцатилетний кадет Степан Макаров впервые вышел в открытое море.
Вернулся в Николаевск он только 15 октября — для первого плавания срок более чем достаточный. А затем все пошло своим чередом: занятия в училище, чтение книг, неуютная жизнь в казенном пансионе… Как и все одаренные люди, будущий флотоводец рано пристрастился к чтению. В далеком городке у Охотского моря найти нужные книги было нелегко, но здесь Макарову помогли его воспитатели: с их помощью он пользовался офицерской библиотекой. Позднее, когда Макаров уже начал зарабатывать деньги, он, будучи всю жизнь весьма скромен в тратах, не жалел средств на приобретение книг: известно, что в шестнадцать лет он выписал из Петербурга разного рода изданий на огромную по тому времени сумму — 60 рублей серебром. Весьма показателен для характеристики молодого Макарова и круг его чтения в то время: он любил серьезную литературу, ему особенно нравились Пушкин, Тургенев, С. Т. Аксаков. Всю жизнь, и даже в ранней молодости, он терпеть не мог пустых, легкомысленных развлечений и, напротив, с юных лет обнаружил склонность к серьезным и целенаправленным занятиям. Он работал много и упорно, фактически учась самостоятельно.
…На закате дня 29 октября 1863 года корвет «Богатырь» во главе небольшой эскадры входил в гавань, по окружившим ее обрывистым холмам раскинулся огромный южный город. Макаров, стоя у борта, жадно всматривался в приближавшийся берег. Так вот она, Америка! Новый Свет! Перед ним открывалась Калифорния и экзотический Сан-Франциско, город золотоискателей, бандитов и миллионеров, морские ворота Американского континента.
Осенью 1863 года Россия предприняла серьезный военно-политический демарш. В Америке шла гражданская война между промышленным Севером и рабовладельческим Югом. Англия и Франция поддерживали южан. Одновременно резко обострились русско-английские и русско-французские отношения. На то имелись свои веские причины. В Польше, которая тогда входила в состав Российской империи, вспыхнуло восстание. Правительства Лондона и Парижа, исходя исключительно из собственных корыстных интересов, пытались вмешаться в этот конфликт, угрожая России войной. В этих условиях Северо-Американские Штаты оказались естественным союзником России. И вот тогда-то по инициативе Морского министерства было принято смелое решение: направить к американским берегам русские военные эскадры с целью военно-дипломатической поддержки Севера. Одна эскадра вышла из Балтики, вторая — из Николаевска-на-Амуре.
Русской Тихоокеанской эскадрой командовал сорокалетний контр-адмирал Андрей Александрович Попов. То был, вне всякого сомнения, выдающийся моряк. Он счастливо сочетал в себе качества решительного командира, талантливого флотоводца и умелого кораблестроителя. При всем этом Попов являлся превосходным воспитателем моряков: человек жесткий и требовательный, он был, однако, безгранично предан морскому делу и умел прививать эту преданность своим подчиненным. Пройти службу под непосредственным командованием Попова значило получить многое. Но давалась эта школа нелегко. Адмирал отличался характером вспыльчивым и тяжелым, его часто «штормило», и тогда… тогда вся команда от старшего офицера до последнего юнги согласилась бы перенести любой ураган, но только не приступ адмиральского гнева. Впрочем, Попов был отходчив и любил своих моряков.
Флагманским кораблем Тихоокеанской эскадры стал паровой корвет «Богатырь». В составе экипажа корвета числился воспитанник Николаевского морского училища Степан Макаров.
Америка восторженно встречала русских моряков. В их честь гремели салюты, вздымались в небо торжественные фейерверки. Еще бы: ведь на рейде Сан-Франциско стояли корабли единственной из великих держав, которая готова была оказать помощь Северо-Американским Штатам.