В Сибири отношение коммунистов к партизанам диктовалось украинским опытом.
В ноябре красные взяли Омск и двинулись вглубь Сибири, взаимодействуя с партизанами. Партизанские отряды перешли в наступление. Рогов взял Кузнецк, где устроил «чистку гадам» — расстреливались офицеры, «буржуи» и чиновники — всего до 400 человек. Разрушались церкви.
В декабре вспыхнули восстания в Томске и Иркутске. Коммунисты, анархисты и эсеры сражались плечом к плечу. Правда, в ожидании прихода РККА некоторые коммунистические командиры стали «втихаря» расстреливать анархистов, но пока это было скорее исключение.
Тем временем 4 января 1920 г. Нестор Каландаришвили подошёл к Иркутску. Власть в городе взял эсеро-меньшевистский Политцентр, который арестовал Колчака, Политцентр договорился с большевиками о создании буферного государства в Сибири. Правда, эта договорённость продержалась 4 дня. На город шли каппелевцы, и перед этой угрозой 21 января, опираясь на партизан и красногвардейцев, власть взял большевистско-левоэсеровский ревком. 7 февраля Колчак был расстрелян. Каландаришвили вошёл в Иркутск и принял участие в обороне города, затем преследовал каппелевцев на восток. Их остатки отошли на территорию «буферной» Дальневосточной республики. Красная армия заняла Сибирь.
Когда победа была одержана, партизанские командиры, сражавшиеся против Колчака, с удивлением выслушали приказ — оружие сдать, бойцов передать в красные части, самим получить новые назначения, не связанные с непосредственным командованием войсками. Затем начались аресты. За решёткой оказались Г. Рогов, И. Новоселов, П. Лубков, А. Кравченко, Е. Мамонтов, И. Третьяк.
Рогова арестовали 25 декабря за грабежи церквей, учинённые его бойцами. Учитывая отношение коммунистов к Церкви, это был скорее повод. В приказе по гарнизону Барнаула говорилось, что Рогов своими действиями
В заключении Рогова избивали, требуя, чтобы он покаялся за разграбление Кузнецка. Правда, при дальнейшем разбирательстве выяснилось, что слухи о грабежах в Кузнецке «преувеличены».
Новоселов бежал. Он не собирался сдаваться и, как пересказывали крестьяне, говорил:
Ветераны борьбы с Колчаком роптали: за что боролись! Лихие командиры сидят в подвалах ЧК, на командные должности назначаются бывшие колчаковцы. Пришла продразвёрстка — поборы в пользу дармоедского города, а там «засели гады» — те же чиновники, что работали и на Колчака. Комиссары получают богатые пайки, а народ вот-вот начнёт голодать. В Усть-Каменогорске и Семипалатинске прошли волнения бойцов-мамонтовцев. Их урезонили, но обстановка продолжала накаляться.
Война продолжалась восточнее — за Байкалом вплоть до Тихого океана. И здесь судьба партизан была трагичной. Они считали, что противостоят японцам и белым. Однако главная опасность крылась среди «своих». Ярким примером этого стала судьба командарма-анархиста Тряпицына.