В это время по инициативе РКП(б) началось формирование «буфера» между Советской Россией и Японией, каковым должна была стать формально независимая Дальневосточная республика (ДВР). Это была уступка, аналогичная Бресту, и Дальний Восток, таким образом, стал аналогом Украины.
ДВР должна была строиться на многопартийной основе. Гражданская война в Приморье на время прекратилась, партизанские отряды вошли в города и сосуществовали с остатками белых сил. Для коммунистов многопартийность была вынужденным возвращением к началу 1918 г. Казалось, что такая система власти удовлетворит государства, господствующие на Тихом океане, и Советская Россия будет спасена от необходимости воевать на два фронта. Японцы рассматривали сложившуюся ситуацию через призму задачи закрепиться на Дальнем востоке. «Буфер» под контролем левых сил их не устраивал, им нужно было марионеточное прояпонское правительство.
Особенно японцев интересовал Сахалин, северная часть которого принадлежала России, и его административная столица — расположенный на материке Николаевск-на-Амуре. «Выманив» партизан в города, японцы завершали подготовку к удару по красным на Дальнем Востоке. 7 марта японский флот подошёл к Сахалину. В ночь на 12 марта японцы внезапно напали на армию Тряпицына, вероломно нарушив соглашение о нейтралитете. Из-за применения японцами зажигательных ракет в деревянном Николаевске возникли пожары. Тряпицын был дважды ранен в ногу. В этой обстановке командир Рогозин расстрелял заключённых тюрьмы.
Натиск японцев удалось отбить, к 15 марта их батальон был уничтожен. В плен попали 128 японцев, в основном — обслуживающий персонал оккупационных сил, в том числе женщины из публичного дома. Здесь историки обычно сообщают, что
После этого инцидента Тряпицын по радио стал выступать против перемирия с японцами, предупреждая, что они могут нарушить его в любой момент и устроить резню. Тряпицын выступал и против идеи «буфера», который даёт возможность белым готовить вероломное нападение вместе с японцами.
Тряпицын не убедил лидеров приморских большевиков. Многим из них это будет стоить жизни. «Игру» сорвали японцы. В ночь на 5 апреля, в разгар переговоров о выводе японских войск с Дальнего Востока, японцы начали резню красных на Дальнем Востоке — Николаевск был только репетицией. Погибло более 7000 человек, в том числе лидер приморских партизан Сергей Лазо.
22 апреля, выстраивая армию ДВР после первого японского удара, главком Генрих Эйхе назначил Тряпицына командующим Охотским фронтом, в зону ответственности которого входил и Хабаровск. Это показывает, что красное командование рассчитывало, что именно армия Тряпицына, как лучше всего сохранившаяся после удара японцев, будет наступать на Хабаровск.
Но японцы не были намерены отдавать Тряпицыну инициативу и высадились под Николаевском. Естественный путь отступления для него был в сторону Хабаровска, но тогда на Амуре армия Тряпицына была бы зажата с двух сторон — от Хабаровска шли японские канонерки с десантом. Комфронта находит остроумное решение — отступать на реку Амгунь, впадающую в Амур. Таким образом, фронт красных располагался близ Николаевска, сковывая японцев, тыл располагался в селе Керби — достаточно далеко от Николаевска и от моря, что исключало его быстрый захват японцами. Но в случае поражения Охотского фронта всё равно оставалась возможность отступать на занятый красными Благовещенск. Во всех отношениях удачная позиция, если бы речь шла только о войне с Японией.