15 марта Махно разделил (формально распустил) армию на три группы (Кожи, Лыченко и Забудько), а сам на время ушёл в подполье с небольшим отрядом при штабе армии и СРПУ. Весь апрель махновцы укрепляли повстанческие очаги на севере и востоке, но не предпринимали широкомасштабного наступления.
По воспоминаниям Белаша, в это время Махно разработал свой проект «Декларации махновцев», который отличался от предыдущего предложением в качестве промежуточной задачи «диктатуры труда» в форме Советской власти и системы профсоюзов, которыми должны руководить анархисты[818]. Эти идеи шли в русле дискуссий коммунистов и в то же время соответствовали «платформе», с которой Махно выступит в эмиграции. Но, также как и во второй половине 20-х гг., в 1921 г. новые идеи Махно не вызвали понимания большинства анархистов. Совет и штаб армии подвергли проект критике, обвиняя Махно в бонапартизме[819].
Несмотря на то, что в апреле авторитет Махно признавало до 13 тысяч бойцов[820], сам он действовал силами небольшой мобильной группы численностью в несколько сот бойцов. Она была достаточно сильна, чтобы отбрасывать целые кавбригады красных, как это произошло, например, недалеко от Полог 16 мая[821].
29 мая в селе Богачка Махно собрал совещание комсостава, на котором была создана новая структура армии — из двух кавгрупп (во главе с Забудько и Куриленко). Но собрать все силы в единый кулак не удалось, Махно мог рассчитывать примерно на две тысячи бойцов (всего в Харьковском военном округе летом 1921 г. действовало несколько более 3 тыс. повстанцев)[822].
Повстанческое движение расширяло район своих действий, но не могло сконцентрироваться для решающих ударов. Новые партизанские отряды полтавщины и черниговщины были слабо связаны с Махно, хотя и восстали под его лозунгами. Они ещё не восприняли махновскую дисциплину и вполне отвечали общепринятому представлению об аморфности крестьянского движения. От старых махновских кадров, в большинстве своём разосланных для организации новых очагов, осталось немного. Несмотря на частные успехи в боях с Первой конной армией, Махно не удалось пробиться к Харькову. Он рейдировал в Полтавщине. 3 июня махновцы заняли Зиньков. При этом, как сообщалось в советских сводках,
Но в это время крестьянам стало ясно, что нэп — это всерьёз и надолго. Одновременно большевики перешли к тактике выжженной земли, выселяя за поддержку Махно целые деревни[826]. Ряды махновских отрядов таяли. В то же время и положение большевиков ещё нельзя было назвать устойчивым — 1 июня в Екатеринославе произошли серьёзные рабочие волнения. 15 июня сам Фрунзе попал под обстрел махновцев и был легко ранен. Они не чувствовали себя «загнанными зверями».
Красным удалось отбить удары в сторону Харькова, но Махно не собирался уходить с Полтавщины. Фрунзе провёл организационную подготовку операции. Коммунистические власти получили телефоны и были проинструктированы, что при виде махновцев нужно не разбегаться, а прятаться и срочно докладывать о передвижении противника. Одновременно красные угоняли у крестьян лошадей, чтобы махновцы не могли менять коней.