В ночь с 11 на 12 апреля ВЧК захватила базы анархистов. На Малой Дмитровке они отстреливались из горной пушки, но у коммунистов был перевес в артиллерии. Из пушек разнесли и верхний этаж особняка на Донской улице. Бои шли на Поварской. В других местах опорные пункты анархистов удалось взять без значительного сопротивления. Было убито и ранено 40 анархистов и 10–12 чекистов и солдат. Несколько анархистов были расстреляны на месте. Это произвело сильное впечатление. Некоторые анархисты стали задумываться о мести.
ЧК рассчитывала получить дополнительный компромат на «Чёрную гвардию» после захвата особняков. Учитывая, что перерегистрация «черногвардейцев» началась лишь месяц назад, в особняках продолжало жить немало уголовников. Были найдено золото. Московская федерация анархистов была обвинена в связях с известным актёром Мамонтом Дальским, который с помощью друзей-анархистов провёл афёру с продажей опиума (правда, Дальского не стали преследовать), в укрывательстве уголовника Кэбурье (правда, он уже скрылся из Москвы). Всего было задержано около 500 человек, но часть вскоре отпущена.
В апреле-мае такие же операции были проведены и в других городах России.
Даже в официальных сообщениях по поводу разоружения анархистов признавалось, что многочисленные преступления совершались от имени анархистов, а не идейными анархистами. Дзержинский подчёркивал, что
Разоруженным анархистам разрешили и дальше заниматься пропагандистской работой — не более. Махно воспринял новость об ударе по анархистам с тревогой, но не стал делать из неё далеко идущих выводов в отношении большевиков — к городским анархистам он относился с большим скепсисом, а большевики нравились ему как люди дела. И ведь они практически установили власть советов, сделав решающий шаг к анархическому идеалу. Но путешествие по России дало Махно новый материал для сомнений.
Весной 1918 г. социально-экономическая ситуация в России продолжала стремительно ухудшаться. Интересный обзор экономической ситуации в апреле 1918 г. был составлен военно-экономическим отделом военного ведомства при главпочтампте на основе анализа телеграфных сообщений. В нём говорилось: