Материалом для двойных стен цитадели служил скальный базальт. Орденские строители превратили неуклюжее жилище феодала в мощный бастион, не отличавшийся элегантным видом, зато надежный и удобный для проживания. Снаружи Маргат окружал выбитый в скале ров. Прекрасный обзор местности обеспечивали дозорные башни – приземистые сооружения округлой формы с редкими рядами амбразур. Согласно правилам средневековой фортификации, они позволяли оборонять лишь ту сторону, откуда ожидалось нападение врага. Благодаря подземному водохранилищу хозяева могли выдерживать осаду в течение 5 лет. Здесь по образцу Крак де Шевалье располагались храм, мастерские ремесленников, монашеские кельи и светские здания. Обширное внутреннее пространство вмещало в себя целую деревню с домиками крестьян, садами, огородами и пашнями.
Защищенные стенами неприступных твердынь госпитальеры не подчинялись королю и, по сути, обитали в суверенном государстве. Их численность ненамного уступала королевскому войску, что безусловно понимали монархи, которым приходилось считаться со столь грозной силой. Маргат рыцари занимали почти столетие, во второй по величине и значению резиденции произошли эпохальные для ордена события. Так, именно в ней был принят устав, разделивший организацию по национальному признаку на языки (нации). С того времени отделениями управляли магистры, а к титулу главы братства добавилось слово «великий».
Весной 1187 года огромное войско Саладина двинулось на Иерусалим. Небольшой отряд иоаннитов встретился с мусульманами недалеко от Назарета: в недолгом кровопролитном бою погибли почти все рыцари ордена, в том числе великий магистр Рожер де Мулен. Немногие оставшиеся в живых были взяты в плен и обращены в рабство. В следующем сражении крестоносцы вновь потерпели поражение, но с пленными на сей раз поступили милостиво. Саладин приказал казнить только тех, кто представлял рыцарские ордена, – госпитальеров и тамплиеров, которые объединились в борьбе с «неверными», забыв о давней вражде. В этой кампании франки проиграли все битвы и в итоге потеряли Иерусалим.
Выгодно отличаясь от воинства Христова, арабы не устроили резню и даже отпустили христиан, хотя и за большой выкуп. Около 3 тысяч бедняков получили свободу бесплатно, а остальным все же пришлось стать рабами. Среди них оказались и рыцари: магистры пожалели денег для своих братьев, несмотря на то что орденская казна от войны нисколько не пострадала. В захваченном городе остались 10 иоаннитов, взявших на себя уход за лежачими пациентами госпиталя.
Иерусалим был объявлен центром королевства после Первого крестового похода. В конце третьей священной войны он опять вернулся к мусульманам, а франки сделали столицей своего государства крепость Акру. С захватом святого города для членов ордена Святого Иоанна Иерусалимского начался долгий период странствий. Четвертый крестовый поход, организованный в 1202 году по инициативе папы римского Иннокентия III, усилиями венецианского купечества был направлен против Византии, на территории которой после захвата крестоносцами Константинополя появилась Латинская империя. Происходившие в течение всего столетия последние четыре похода не сыграли существенной роли ни в политике, ни в распределении территорий.
Завершением бесславной крестовой эпопеи послужил переход к мусульманам Акры, что означало полное поражение франков, утративших свое последнее владение на Востоке. В этой крепости долгое время размещались резиденции двух орденов – иоаннитов и тамплиеров. Совместное пребывание сильных, знающих себе цену военных союзов сопровождалось конфликтами, абсурдными по сути, но повлекшими серьезные последствия. Однажды папе римскому пришлось вмешаться в ссору по поводу дележа запруды на реке в окрестностях Акры. По свидетельству современников, благородные рыцари «ненавидели друг друга по причине жадности к земным благам. Что приобретал один орден, вызывало зависть другого. Каждый член ордена отказался от имущества, но зато они хотели иметь все для всех».
В 1291 году после короткой осады Акру захватили мусульмане. Обороняли город в основном рыцари, проявившие удивительное мужество, которого все же оказалось недостаточно. Захватчики перебили все население, а затем сровняли крепость с землей. Спаслись немногие из защитников, и среди них был великий магистр Жан де Вилье. С падением Акры перестало существовать Иерусалимское королевство, завершилась история Крестовых походов и вновь остались бездомными иоанниты. Изгнанные из Палестины, они осели на Кипре, где создали сильное государство с лучшим в Средиземноморье флотом.