Еще одним недолговременным пристанищем стал остров Родос, занимавший стратегически выгодное положение в Эгейском море. Около двух лет местные жители сопротивлялись чужакам, но силы были слишком неравными. Впервые с момента сдачи Акры госпитальеры обрели надежду на спокойную жизнь в собственном доме. Став родосскими рыцарями, они вспомнили о своей изначальной миссии – уходе за больными и ранеными. К началу XIV века на острове появился странноприимный дом, а незадолго перед тем были построены новые укрепления, превосходный дворец великого магистра, склады, школы.
Подобно своим давним соперникам тамплиерам, иоанниты распоряжались огромными средствами, но в отличие от них не занимались финансовыми операциями, а если и позволяли себе ростовщичество, то без размаха и огласки. Редкая для средневековой знати осмотрительность помогла сохранить богатства и выжить, чего не удалось тамплиерам. Неприязнь к ним французского короля привела к полному разгрому ордена: обвиненные в ереси, разврате и связи с дьяволом, самые знатные рыцари взошли на костер, а бoльшая часть орденского наследия досталась монарху. В 1312 году папа Климент V официально упразднил орден, передав оставшееся после раздела имущество иоаннитам.
В очередной раз пополнив казну, рыцари с энтузиазмом занялись своим основным делом – организацией госпиталей. Помимо странноприимного дома на Родосе, они учредили такие же во всех иностранных отделениях, выделяя на то особую статью бюджета. Под воздействием внешних обстоятельств, когда искусное владение мечом не гарантировало мощи союза, госпитальеры пришли к идее создания юридических школ, открыв первую в Париже. Выпускники этих заведений брали на себя мирские дела иоаннитов, а в дальнейшем стали исполнять обязанности поверенных ордена в Риме.
Поскольку захват Родоса проводился под знаком малого Крестового похода, папа запретил рыцарям использовать гавани для транзитной торговли. Это существенное ограничение не помешало, однако, созданию великолепного флота, в котором воплотились самые передовые технологии тогдашнего судостроения.
Невзирая на весьма непривлекательные цели, родосская кампания способствовала укреплению авторитета рыцарей. Имея огромные доходы от европейских владений, они контролировали основные морские пути, доказывая свои права с помощью тяжеловооруженных галер. Покрытые металлическими пластинами, все рыцарские суда были оснащены мощными пушками и выходили в море в любую погоду; скорость их зависела не от ветра, а от слаженной работы 50 гребцов, сидевших на двух палубах. Помимо рыцарей, команду военных кораблей составляли около 200 солдат. Историки полагают, что первый броненосец изобрели именно госпитальеры. Таковым считается корабль «Святая Анна» – шестипалубное морское судно со сплошной свинцовой обшивкой.
С первой половины XIV века боевая мощь лучшего в Европе флота направлялась против двух вражеских сил: к давнишним врагам мамелюкам добавился новый, не менее грозный противник – турки-османы. Тогда еще не наступил расцвет их государства, активно расширявшего свои территории к Востоку; впереди были и самые громкие победы. Однако уже в период становления державы турки доставляли соседям серьезные неприятности и воинство Христа отвечало им тем же. Разбив турецкое войско в 1318 году, иоанниты закрепили успех через несколько месяцев, проведя блестящую морскую операцию вблизи острова Хиос. В следующем году рыцарский флот вновь отличился: турецкую эскадру, состоявшую из 80 кораблей, уничтожили 40 родосских галер.
Победы ордена часто сопровождались кровавыми драмами, подобным и той, что произошла при взятии Иерусалима. В 1345 году орденские отряды оккупировали часть Малой Азии, изгнав мусульман из Смирны. Двадцать лет спустя, вспомнив былое, они устроили резню после удачного штурма Александрии. Непобедимое братство сыграло решающую роль во время осады Константинополя в 1453 году и сумело выстоять в 1480 году, когда османы попытались завладеть Родосом. Серию побед удалось прервать очередному наместнику Аллаха на земле, султану Сулейману Великолепному, изгнавшему «гяуров из сатанинского убежища», как он именовал своих врагов и прекрасный Родос. Весной 1522 года к берегам острова подошла турецкая армада из 400 кораблей, на борту которых находилось 200-тысячное войско. Туркам противостояли 300 рыцарей с оруженосцами, неумелые, хотя и преданные ополченцы из местного населения, а также наемники, завербованные вопреки запрету папы. Расстановка сил не предвещала госпитальерам победы, и ожидания оправдались: после полугодовой осады великий магистр Филипп Вилье де Лиль Адам сдал шпагу Сулейману, таким образом признав поражение.