С XVI века Средиземноморье являлось ареной морских войн, важную роль в которых сыграли орденские мореходы. Прибыв на новые земли, они располагали небольшой флотилией, состоявшей из военного корабля «Санта-Анна», галер «Сан-Джованни», «Санта-Мария Витториозо», «Аквилла» и нескольких торговых судов. Примерно через 5 лет орденский флот вновь обрел былую мощь. Большой галеон в окружении галер трижды в год выходил в патрульное плавание по Средиземному морю. Немного позже вход в Большую гавань от форта Рикасолли до форта Сан-Эльмо был перекрыт железной цепью.
Тогда же устав ордена был дополнен пунктом о том, что в братство допускаются воины, не менее трех лет участвовавшие в морских походах. Титульный лист этого документа украшал личный герб Вилье де Лиль Адама, по обычаю соединенный с гербом ордена. В 1535 году иоанниты осадили и взяли штурмом турецкую крепость Гулетта, где находился арсенал Барбароссы. В ходе кампании на свободу вышли десятки тысяч христиан, а кавалеры стали богаче на 300 пушек и 87 галер. Затем так же легко был взят Тунис, из которого победители вынесли все имущество, но остаться в разграбленном и разрушенном городе не пожелали.
В 1547 году турецкий отряд высадился на Мальте, по обыкновению ограбил прибрежные поселки, и быстро покинул остров. Спустя несколько лет вражеские корабли вновь бросили якоря в одной из мальтийских бухт. На сей раз объектом нападения стали слабо защищенные участки Мальты и Гоцо. Сумев захватить более 6 тысяч местных жителей вместе с небогатым имуществом, турки разорили бoльшую часть прибрежных селений. Орденский летописец Бозио подробно описал эту экспедицию, почему-то назвав несчастных мальтийцев бедуинами. Может быть, только после карательных операций госпитальеры ощутили реальную опасность и всерьез взялись за фортификацию. С помощью приглашенных из Италии и Франции архитекторов началось строительство укреплений, формировались отряды наемников. Рыцари спекулировали на военной угрозе, добывая деньги в королевских дворах.
Не много времени потребовалось для того, чтобы изрядно обветшавшие форты Сан-Анжело и Биргу обрели новые стены. В 1551 году турки снова попытались высадиться на Мальте, однако, наткнувшись на мощные твердыни, ни с чем ушли в Триполи. Как ожидалось, африканская крепость пала, и вернуть этот важный стратегический порт европейцам больше не удалось.
Строительные работы велись медленно, причем не столько из-за трудностей с рабочей силой или материалами. Кавалерам не хватало денег, ведь им приходилось содержать самый крупный в Средиземноморье госпиталь, военный флот и вдобавок регулярно пополнять папскую казну. После смерти де Лиль Адама в ордене началась смута, справиться с которой сумел лишь третий избранный после него гроссмейстер Жан де Хомедес. Расправившись с бунтовщиками, он занялся оборонительной системой Биргу, поручив ее создание архитектору Антонио Ферромолино. Через несколько лет построенные итальянцем сооружения показали свою надежность и, возможно, спасли орден от гибели в трагическом 1565 году. Строительству изрядно помешал понтифик: отобрав законные привилегии, в том числе и финансовые, он лишил госпитальеров значительной части средств. В тяжелые времена самые богатые командорства принадлежали родственникам папы. Тяжба по этому поводу растянулась на много лет, но завершилась поражением Святого престола. В итоге кавалеры отстояли большинство древних прерогатив, и не последнюю роль в том сыграл авторитет братства, который резко повысился после Великой осады.
Великая осада
История последней битвы госпитальеров с турками описывалась настолько часто и разноречиво, что в настоящее время отличить правду от вымысла не представляется возможным. По саркастическому замечанию Вольтера, «ничто на свете не известно так хорошо, как осада Мальты». Действительно, сотни историков потрудились на славу, всячески расхвалив мужество рыцарей и принизив воинскую доблесть сарацинов. В хрониках того времени давние враги ордена представали ничтожными и трусливыми вояками, взявшими всего одну крепость, и то благодаря превосходящей численности солдат. Потомки защитников придавали рассказам отцов характер нравоучительной беседы.
Позже реальные события стали дополняться, а затем и вовсе были вытеснены чудесами, вымыслом и набором невероятных историй. Потребность разносторонне взглянуть на Великую осаду возникла сравнительно недавно, возможно после того, как один из исследователей заметил, что в обширных материалах по этому вопросу не рассматриваются турецкие источники. Предвзятость орденских хроникеров заставляет сомневаться в правдивости многих данных. Вероятно, победители завышали данные о численности противника, об оснащении вражеских кораблей; вероятно, не столь жестоким показал себя посланник Сулеймана Великолепного. Однако победа говорит сама за себя и, как бы сражение ни представляла та или иная сторона, лучшими, несомненно, являлись рыцари.