Рыцари старались не общаться с местным населением, и те отвечали им таким же пренебрежением. Знатные мальтийки выходили из дома, прикрыв лицо вуалью, не появлялись на городских праздниках, делая исключение лишь для мессы в кафедральном соборе. Знакомство с кавалером для местного аристократа считалось позорным, и неудивительно, ведь на Мальте все еще процветала работорговля. Захваченные на корсо турки, египтяне, алжирцы, тунисцы и жители Триполи считались собственностью ордена. Пленников оставляли на острове, продавали на аукционах, дарили европейским монархам или обменивали на христиан. Закованные в кандалы невольники ночевали в бараках на окраине Витториозо, где их обнаружили солдаты Наполеона. Захватив архипелаг, французский император приказал освободить всех рабов, которых насчитали более 2 тысяч, что составляло пятую часть населения Мальты.
Если средневековые главы ордена отличались от простых рыцарей только наличием Большого креста, то гроссмейстеры Нового времени носили огромные береты с бриллиантовой диадемой. Эммануил Пинто первым водрузил на себя королевскую корону, набросив на плечи горностаевую мантию. Его последователи не удостаивали вниманием простых рыцарей и даже людей из собственной свиты приветствовали едва заметным кивком. Советы и аудиенции того времени завершались ритуалом целования руки великого магистра, которого теперь именовали «его преосвященным высочеством». В окружении королевской пышности главы ордена относили себя к особам голубой крови, не случайно европейские монархи начинали письма с обращения «дорогой друг и кузен», «наш самый первый единокровный, любимейший друг и брат».
Свита великого магистра Рогана состояла из сенешаля, 2 стременных, хранителя гардероба и личной казны, сокольничего, секретаря, повара и кондитера, а также специалистов по приготовлению еды для собак. Капитул выделял на «содержание Его Высочества, для кормления и поддержания достоинства» уже не одно, а несколько командорств. Кроме того, в целях увеличения дохода владыки из братства уходила значительная доля налогов и таможенных сборов.
К концу XVIII века в ордене ослабла дисциплина, исчез боевой дух и кавалеры уже не могли сопротивляться врагу так же яростно, как в былые времена. Когда в феврале 1798 года к берегам Мальты причалили корабли Наполеона, некоторые из них отказались стрелять в соотечественников и, более того, посчитали за честь принять их у себя. Впрочем, может быть именно им Валлетта обязана сохранностью: избежав осады, прекрасная столица Мальты на протяжении 400 лет радует мир своей уникальной красотой.
Увидев в Большой гавани французские корабли, глава ордена, немецкий барон Фердинанд Гомпеш, фактически сдал острова, правда под нажимом со стороны капитула. По свидетельству очевидцев, он потерял волю к сопротивлению, хотя решительный полководец и организатор мог бы доставить врагу немало неприятностей. «Имея сильные укрепления, Мальта не имеет моральной стойкости», – сказал Наполеон, входя в широко распахнутые ворота столицы. Впрочем, по его мнению, рыцари «не сделали ничего постыдного; ведь никто не обязан добиваться невозможного». Всего 16 рыцарей оказались верными клятве и взяли в руки оружие, несмотря на явную безнадежность обороны. Пока большинство братьев отсиживалось в обержах, они сражались на стенах Валлетты, отбивая атаки из пушек и даже пытаясь остановить наступление французов в открытом бою. Отряд под командованием шевалье Томмази удерживал позицию в течение нескольких часов. Парализованный бальи де Тинье, лежа на носилках, наблюдал за происходящим с крепостной стены, считая, что офицер во время войны должен находиться на поле боя.
В ходе слабого сопротивления мальтийцы потеряли нескольких человек в сражениях с врагом и разъяренной толпой горожан, которые, не желая воевать, растерзали 4 рыцарей. Французам удалось без крови захватить орденские корабли и большое количество боеприпасов. Уже на следующий день архипелаг был причислен к владениям Французской республики, а гроссмейстер получил командорство в Германии и ежегодную ренту в 300 тысяч франков. Наполеон разрешил рыцарям вернуться на родину, причем каждому их них была обещана пенсия в 700 франков.
Спешно покидая остров, Гомпеш успел прихватить из собора самые ценные христианские святыни: кусок дерева от креста, на котором был распят Иисус Христос, руку Иоанна Крестителя и чудотворную икону Богоматери Палермо. Прибыв в Триест, он разослал депеши, оповестив великих приоров о случившемся, и, конечно, умолчал о подробностях. Тем не менее реакция зарубежных рыцарей последовала немедленно и была бескомпромиссной: изменника лишили звания великого магистра, а столп немецкого языка потребовал подвергнуть его рыцарскому суду. Светские монархи, словно сговорившись, изгнали мальтийских дипломатов из своих столиц.
Во многих странах имущество Мальтийского ордена было конфисковано, а с фасадов исчезла орденская символика.