Осенью того же года иоанниты лишились всех владений во Франции и других европейских государствах. Однако это событие не обернулось трагедией, поскольку на помощь ордену пришел император Павел. К тому времени уже давно существовало и активно действовало полуофициальное русское приорство, возглавляемое графом Джулио Литта и папским нунцием Лоренцо Литта. Братья жили в роскошных апартаментах предоставленного им Воронцовского дворца, слушали мессу в стоящей рядом капелле Иоанна Крестителя и были готовы принять у себя оставшихся воинов Христа. Рыцари не замедлили воспользоваться приглашением Павла, тем более что их права в России подтверждал разработанный лично императором манифест «Об установлении в пользу российского дворянства ордена Святого Иоанна Иерусалимского». Согласно этому документу, в ряды российских рыцарей церкви, наряду с католиками, принимались православные. Соискателю, или «новициату», по-прежнему полагалось быть потомственным дворянином, а также нести повинность в виде единовременной платы от 2400 до 1200 польских злотых в зависимости от возраста: наибольшая сумма предусматривалась для лиц, не достигших 15 лет. Использование иностранной валюты определялось тем, что российское приорство возникло вместо аннулированного польского. Высшие должности в новом отделении могли занимать только русские подданные. Правда, пыл честолюбивых особ, то есть тех, кто мечтал о титуле гроссмейстера, устав охлаждал требованием участвовать в 4 полугодовых походах в составе российской армии или орденского флота.
Накануне опубликования манифеста члены русского приорства по требованию графа Литта избрали императора главой ордена. Папа Пий VI ограничился лишь устным согласием, что впоследствии отразилось на юридическом положении Павла. На церемонии избрания рыцари выхватили из ножен мечи и потрясли ими в воздухе, символически угрожая врагам, а затем граф Литта провозгласил своего протеже великим магистром ордена Святого Иоанна Иерусалимского. После этой, как оказалось позже, неофициальной процедуры назначения Павел посчитал себя не только гроссмейстером, но и обладателем Мальты. Видимо, забыв о захвате ее французами, он назначил коменданта и даже предоставил трехтысячное войско в качестве гарнизона.
К счастью, русские не сумели реализовать мнимые права, поскольку Павел прожил недолго, а на островах обосновались англичане. Зато в России желания нового руководителя ордена воплощались быстро. Мальтийская символика – крест и флаг – появилась на штандартах гвардейских и кавалергардских полков. Вновь избранному гроссмейстеру полагалась новая гвардия, и Павел приказал «образовать оную» из личной охраны. Вскоре две сотни рослых, наряженных в красные мундиры солдат поселились в казармах Зимнего дворца, вступив на службу наравне с русскими гвардейцами. Один из «мальтийских» телохранителей неотступно ходил за императором, оберегая его от невидимых, но реальных врагов.
Со смертью Павла существование в России ордена иоаннитов лишилось смысла. Александр I поспешил освободиться от титула и обязанностей, хотя внешне неприязни к братьям не выказал. Однако это сделал его вельможа, граф Н. П. Румянцев, заявивший прямо, что «Мальта не нужна России, ибо может вовлечь нашу державу в европейскую войну».
Госпитальеры вновь оказались бездомными зимой 1810 года, когда все имущество ордена по распоряжению императора перешло в государственную казну. Немного позже члены русского приорства последовали декрету, согласно которому запрещалось получать и носить мальтийские кресты, а также иные относящиеся к ордену знаки отличия. Изгнанные из петербургской резиденции рыцари в очередной раз отправились странствовать по миру, с трудом находя пристанища при европейских дворах.
«Замок мальтийских рыцарей», как жители столицы называли Воронцовский дворец, утратив значение, был переименован в Пажеский корпус. В католической церкви до конца XIX века хранилось царское кресло великого магистра, покрытое балдахином из бархата с изящным золотым шитьем. Регалии гроссмейстера – золотая корона и «кинжал веры» – после смерти Павла исчезли из Бриллиантовой комнаты Зимнего дворца, но спустя несколько лет появились в Оружейной палате Московского Кремля. Сегодня наглядным свидетельством мальтийского прошлого России служат портреты русских вельмож с Большими крестами, в кирасах и рыцарских плащах. Павел I также велел запечатлеть себя в одеянии иерарха ордена; лучшее изображение императора в этом наряде исполнил знаменитый художник В. Л. Боровиковский.