Мальтийские рыцари устраивали папу только в качестве монолитного союза, объединенного решениями капитула, строгой дисциплиной, беспрекословным подчинением и выгодными высшей власти духовными принципами. Никакого инакомыслия не допускалось, поскольку разброд мог привести к тому, что военная мощь обернулась бы против Рима. В 1581 году орденом одновременно управляли два великих магистра – избранный по уставу ла Кассиер и предводитель бунтовщиков Мартин Леку де Ромегас. Для разрешения спора оба они были вызваны в Рим. Папа принял сторону законного главы, но тот скончался, не успев воспользоваться победой. Обстоятельства его смерти остались загадкой истории, хотя уход гроссмейстера в мир иной многим показался странным. Не менее таинственная кончина ожидала и узурпатора: Ромегас умер в папских покоях также от неизвестной хвори. Освободившись от спорщиков, Григорий XIII отменил выборы великого магистра, объявил главой ордена своего представителя и повелел, чтобы подобные назначения стали обязательными на вечные времена. Обескураженных кавалеров в очередной раз лишили привилегий, в частности отныне запрещалось выбирать епископа и приора кафедрального собора из числа братии. Именно тогда в Валлетте появилась новая должность – великий инквизитор. Назначаемый папой, он имел большую власть и постоянно жил на острове, располагая новой, просторной резиденцией, где, помимо удобных комнат, имелись темницы и камеры пыток. Сегодня в резиденции великого инквизитора располагается Этнологический музей.
В одной части дворца представлены обычные для средневекового быта вещи, подобные крестьянским инструментам и церковной утвари. Прямо противоположное впечатление производят помещения другой части здания, где находятся зал суда, покои хозяина дворца и казематы, когда-то наводившие ужас на добропорядочных жителей Мальты.
Еще больший страх островитяне испытывали при виде небольшого здания на входе в Мдину, где ныне располагается Музей пыток. Все местные путеводители рекомендуют «посетить мдинскую темницу, дабы познать драматизм и таинственность давно ушедших дней, познакомиться с историей древних римлян и арабов, встретиться с рыцарями или даже Наполеоном». Человека с крепкими нервами и желудком здесь действительно ожидает много интересного. Жутковатые выставки, по сути, являются пособием в изучении теории и практики средневековых пыток. Заплатив всего лиру за вход, посетитель может заглянуть в стеклянные глаза висельников, внимательно рассмотреть знаменитый «испанский сапог», увидеть отрубленные и оторванные головы, четвертованных преступников или хорошо сохранившиеся внутренности людей, казненных лет 300–400 назад.
К концу столетия орденскими делами занимались три полномочных сеньора: великий магистр, независимый епископ и назначаемый папой инквизитор. Впоследствии каждый из них являлся источником ссор, которые после реформ стали повторяться чаще и проходили более напряженно.
Вражда высших должностных лиц неблагоприятно отражалась на местных жителях, которым пришлось участвовать в бесконечных раздорах. Первый избранный по рекомендации папы великий магистр Хьюг Лубенкс де Вердаль отменил самоуправление, существовавшее на Мальте с незапамятных времен. Его преемник, по примеру английских и французских королей, пытался подчинить себе церковь, но его преобразования закончились неудачей.
Роскошный образ жизни Вердаля, попытки показать себя полноправным владыкой закономерно вызвали возмущение всех обитателей острова, от простых горожан до орденской верхушки. Апогеем безрассудного поведения гроссмейстера явились ужины в новой резиденции, где пирующие наслаждались изысканными яствами, летом 1592 года, когда на архипелаге свирепствовала чума. Следующей весной народ Мальты умирал от голода, задевшего даже благополучных кавалеров. Затянувшаяся оргия завершилась в Риме, куда утративший чувство меры магистр был вызван папой и где умер, не дождавшись аудиенции.
Весомый вклад в борьбу с братьями внес свободный от орденских традиций епископ. Пригласив на остров иезуитов, он обрел умных, зато беспринципных, лицемерных и жестоких союзников, успевших отличиться в недобрых делах. В течение 200-летней истории Мальтийского ордена за порядком в душах госпитальеров следили 63 великих инквизитора. Ни один из множества духовных наставников не остался без отрицательного внимания со стороны гроссмейстера или его приближенных: отношения колебались от легкой неприязни до открытых схваток. Удивляет легкость, с которой воинственная братия вступала в конфликты с теми, кому предназначались высшие посты в католической церкви. Все пребывавшие на острове инквизиторы получили сан епископа, 25 из них стали кардиналами, а двое надели папскую тиару. Достигнув вершины духовной власти, они могли бы содействовать ордену, но в большинстве своем не делали этого, видимо вспоминая о распрях, слишком часто возникавших в ходе сотрудничества иоаннитов и представителей Римской курии.