3 июля согласно постановлению Конвента Луи Шарля забрали у матери. Несмотря на запись в журнале Тампля, что сына разлучили с матерью «со всем возможным мягкосердечием», Мадам Руаяль писала, что брат плакал и цеплялся за мать, а королева умоляла убить ее, только не забирать сына, и не выпускала его из объятий до тех пор, пока сторожа не пригрозили застрелить его. Мадам Елизавета и Мадам Руаяль одели мальчика (дело происходило после девяти вечера, когда Луи Шарль уже лежал в кровати), он со слезами расцеловал всех и, не переставая плакать, пошел за комиссарами. Королева попросила дозволения видеться с сыном хотя бы за трапезами, и ей обещали передать ее просьбу в комитет, но, видимо, позабыли. Мальчика отдали на воспитание, а точнее, на перевоспитание сапожнику Симону, велев ему «сделать из маленького Капета доброго санкюлота». О трагической судьбе Людовика XVII написано немало книг; историки в основном сходятся на том, что голод и дурное обращение сделали свое дело: 8 июня 1795 года в Тампле ребенок скончался от туберкулеза. Легенда же гласит, что друзья королевы сумели устроить ему побег…
После разлуки с сыном Мария Антуанетта, вся в черном, превратилась в тень, а когда дочь или Мадам Елизавета пытались растормошить ее, лишь глубже замыкалась в себе. Предполагают, что авантюрист и темная личность барон де Батц пытался освободить королеву, направив при содействии тюремного администратора Мишони своих людей в Тампль, чтобы те под видом патруля вывели узниц из башни, но предупрежденный анонимной запиской сапожник Симон (тот самый, которому передали маленького Луи Шарля) сорвал этот план. Есть основания считать, что преданные королеве люди начинали переговоры о спасении королевы с Дантоном, но тоже безуспешно, ибо Марию Антуанетту охраняли столько людей, что вождь революции побоялся, как бы его причастность к такому предприятию не стала достоянием гласности. Убедившись, что королева как заложница ценности не представляет, якобинцы решили начать процесс. 1 августа Барер, поднявшись на трибуну Конвента и разоблачая «заговор монархов Европы», воскликнул: «Неужели мы забыли о преступлениях Австриячки, неужели наше равнодушие к семье Капет ввело в заблуждение наших врагов? Настало время истребить все побеги королевской власти!» Депутаты единогласно постановили: «Марию Антуанетту предать суду чрезвычайного трибунала; немедленно перевести означенную Антуанетту в Консьержери». В то время тюрьму Консьержери называли «прихожей гильотины».
В ночь на 3 августа узниц Тампля разбудили и зачитали им декрет Конвента, согласно которому по требованию прокурора Коммуны королеву переводили в Консьержери, где ее ждал суд. Как писала Мадам Руаяль, королева с невозмутимым видом выслушала комиссаров и быстро собрала свой нехитрый скарб. Одеваться ей пришлось под бдительным оком сторожей и комиссаров Коммуны. Когда она оделась, ее обыскали, забрали все мелкие вещицы, оставив только носовой платок и флакон с нюхательной солью. Прощаясь с дочерью, Мария Антуанетта велела ей слушаться тетку как вторую мать. Обнимая Елизавету, она поручила ей детей. Потом, резко повернувшись, быстро зашагала к двери. Выходя из комнаты, она, забывшись, ударилась головой о притолку, а на вопрос сторожа, не больно ли ей, ответила: «Мне уже ничто не может причинить боль».