По проекту известного художника Виктора Михайловича Васнецова на месте взрыва был установлен большой крест в древнерусском стиле с евангельской надписью: «Прости им, Господи, ибо не ведают, что творят».
Протоиерей Иоанн Восторгов сказал: «Выстрел за выстрелом, взрыв за взрывом, кровь за кровью и убийство за убийством на Русской Земле… Не в честном бою, не пред лицом открытого ополчившегося врага, а от злодея, из-за угла поджидавшего жертву, от фанатика, исповедующего убийство во имя жизни и насилия во имя свободы, пал царский Сродник и Слуга. Люди русские! Одумаемся! Знамения Господни зовут нас к этому. Государство в опасности, люди гибнут на войне и внутри страны, презренное и гнусное убийство вышло из темных углов и нагло показывается на улицах, а сыны народа, почитаемые его мыслящею частью, как будто ничего не случилось, твердят и твердят о своих мечтательных и заморских идеалах, своими писаниями плодят и плодят недовольство в стране вместо успокоения, несут разделения, раздоры вместо мира и согласия…»
Погребение великого князя состоялось 10 февраля в храме Святого апостола Андрея Первозванного в Чудовом монастыре, а 4 июля 1906 года он был погребен в склепе храма усыпальницы в честь преподобного Сергия Радонежского. Великая княгиня Елизавета Федоровна писала: «Великим утешением в моем тяжелом горе служит сознание, что почивший великий князь находится в обители святителя Алексия, память которого он так чтил, и в стенах Москвы, которую он глубоко любил, и в святом Кремле, в котором он мученически погиб».
И. П. Каляева судили в особом присутствии Сената 5 апреля 1905 года. 10 мая он был повешен в Шлиссельбургской крепости.
Революция, пришедшая в Россию, не пощадила и могилы ее верных сыновей. В 1918 году во время первомайских праздников, на которых присутствовал и В. И. Ленин, крест на могиле Сергея Александровича был сломан, а в 1929 году был взорван и Чудов монастырь, великолепный памятник русского зодчества.
В 1986 году в Кремле при проведении ремонтных работ был обнаружен сохранившийся склеп с останками великого князя. На государственном уровне было принято решение перенести останки в возрожденный в Москве Новоспасский монастырь — родовую усыпальницу бояр Романовых.
В 1998 году в Новоспасском монастыре был воссоздан и установлен крест-памятник на могиле великого князя Сергея Александровича.
18 февраля 1905 года был опубликован царский манифест, в котором говорилось о намерениях царя создать законосовещательную Государственную думу.
О необходимости созыва народных представителей писали царю и Марии Федоровне многие граждане Российской империи. Архивы императрицы сохранили эти письма-обращения. В качестве примера можно привести следующие: «Записка неизвестного автора о необходимости реформ как мере успокоения общественного движения» от 1905 года, «Политическое обозрение неизвестного автора» от 2 апреля 1904 года — 22 декабря 1905 года и, наконец, письма от мая 1905 года на имя императрицы некоего Анатолия Клопова — чиновника Министерства финансов, агронома, экономиста и общественного деятеля, которому еще в бытность Александра III было дано право обращаться к царю с откровенными докладами о настроениях в стране. «Как жалко, — писал Клопов императрице Марии Федоровне, — что наша Царская фамилия так отдалена от народа и его жизни такой крепкой, непроницаемой стеной! Я глубоко уверен, что Вы, Ваше Величество, как добрая, любящая Россию и русский народ, присутствуя среди нас, пережили бы глубокое чувство симпатии и расположения к нашему многострадальному народу, который своим терпением, трудом и доброкачественностью натуры создал Великую Россию! Между тем, не сердитесь на меня, Государыня, если скажу прямо и откровенно свое мнение, все мы, просвещенные люди, начиная с Государя, Императорской фамилии, грешники перед той темной, бедной, забитой массой, которую мы называем русским крестьянством. Вот почему сделанное Вами добро и оказание внимания деревенскому люду как Царицею представляет собой почин к тому общению, о котором мечтают многие и многие, вся благомыслящая и честная часть русского общества и народа. К счастью России, и с высоты престола раздался, наконец, голос об этом общении, что выразилось, между прочим, в будущем созыве народных представителей».