Страшные слухи, пришедшие из Екатеринбурга, отсутствие известий о сыне Мише — не давали покоя. «Господи, — писала она в дневнике, — внемли же моим молитвам за моего несчастного любимого Ники, за его семью и за Мишу, о котором я не знаю вообще ничего. Даже где он находится, неизвестно! Ужас!» Сердцем она чувствовала, что отсутствие информации было верным признаком случившейся непоправимой беды. В своих горестных мыслях Мария Федоровна постоянно возвращалась к своим дорогим внукам, особенно к цесаревичу Алексею, которому 30 июля исполнилось 14 лет. «Боже, спаси и сохрани его и даруй ему более светлые дни», — написала она в тот день в дневнике.
Как явствует из писем арестованных и посаженных в Петропавловскую крепость членов императорской семьи, в июле 1918 года они уже знали о том, что царь и его семья расстреляны. Так, великий князь Николай Михайлович в письме датскому посланнику X. Скавениусу, сохранившемся в датских архивах, писал в октябре 1918 года из тюрьмы: «Иллюзии ее Величества Императрицы-Матери по поводу судьбы ее Августейшего сына меня расстраивают. Было бы просто чудом, если б он остался целым и невредимым».
Дезинформационные сообщения о судьбе других членов царской семьи и их ближайших родственников, пропавших в Сибири, шли теперь потоком в Крым. Так, 3 августа 1918 года, возвращаясь из Мисхора, Мария Федоровна встретила княжну Вяземскую, которая рассказала ей о письме Эллы (великой княгини Елизаветы Федоровны. —
В действительности к этому времени Эллы — великой княгини Елизаветы Федоровны уже не было в живых. Она была арестована весной 1918 года вместе со своей подругой, монахиней Варварой Яковлевой; в течение некоторого времени находилась под стражей в здании школы в Алапаевске — маленьком сибирском городе, расположенном в 150 верстах к северу от Екатеринбурга.
Через сутки после екатеринбургского злодеяния пришли и за узниками Алапаевска. Им было объявлено, что они будут перевезены в другой город ради их собственной безопасности. Проехав 12 верст, тюремщики в лесу высадили своих жертв и расстреляли. Елизавета Федоровна была живой сброшена в глубокую шахту. Такая же участь постигла ее подругу послушницу Варвару Яковлеву. Вместе с ними в старую шахту были сброшены: великий князь Сергей Михайлович, Константин Константинович Романов (младший), Игорь Константинович, Иоанн Константинович, князь Владимир Палей (сын княгини Ольги Палей и великого князя Павла Александровича) и Федор Семенович Ремез — управляющий двором великого князя Сергея Михайловича.
Офицер Павел Булыгин, посетивший в Сибири место убийства Елизаветы Федоровны и остальных жертв алапаевской трагедии, свидетельствовал:
«Грамотин и я отправились в местный женский монастырь, куда, как известно было следователю, перевезены тела замученных в городе Алапаевске. <…> Свидетель — мужик, прятавшийся в кустах около шахты, — показал, что он слышал пение „Херувимской“ из колодца шахты. Белые похоронили вынутые следствием тела в Перми, в склепе собора… Эти сведения были у Соколова, и мы отправились в читинский монастырь искать игумена Серафима.
Много часов провел я в келье игумена Серафима, не раз и ночевал у него. Серафим много рассказывал мне о перевозке тел в Читу и о погребениях их у него в келье под полом. Гробы были перевезены в монастырь русскими и японскими офицерами. Он сам и два его молодых послушника вырыли склеп под полом и поставили в ряд гробы, прикрыв их всего на одну четверть землей».