Город Роскилле, где в прекрасном соборе, построенном в XII веке, находилась усыпальница датских королей, встретил траурный поезд со всей торжественностью, отвечавшей столь важному событию. Весь путь от станции до собора был устлан еловыми ветками. Погребение императрицы было очень торжественным. Ее духовник протоиерей Леонид Колчев сказал по-русски прощальную речь: «Исключительный жребий выпал на Твою долю. Бог возвел Тебя на самую вершину земного величия, но и там Ты оставалась человеком, удел которого — скорби и страдания. Не спасет от них и корона царская…
Много горя и всяких лишений пришлось испытать Тебе на Твоем долголетнем жизненном пути. Слабая телом, но сильная духом, Ты всегда сохраняла мужество, неизменно верила в торжество правды и истины. Этот пример Твой воодушевляет нас, этот дух Твой хранится и в наших сердцах. Все это служит залогом грядущего возрождения нашей родины».
Датская газета «Берлингске тиденде» на следующий день после похорон (20 октября) писала: «Это было экстраординарное событие. Никогда еще маленький Роскилле не привлекал к себе такого внимания. Похороны отличались от многих других королевских похорон славянским драматизмом прощания. Митрополит с седой головой, увенчанной высокой тиарой с крестом; православный хор, византийское облачение священников, сверкающее в лучах осеннего солнца, русская речь придавали похоронам особое нездешнее импульсивное чувство».
Представители Советской России в Дании всячески пытались замолчать это событие. 5 ноября 1928 года полномочный представитель в Дании Михаил Кобецкий в депеше на имя заместителя наркома иностранных дел СССР М. М. Литвинова сообщал:
«Похороны бывшей царицы Марии Федоровны были, по желанию короля, организованы как „семейное событие“, из дипломатов приглашен был только дуайен. Вообще король и МИД проявили в этом случае по отношению к нам полную корректность: нигде не было вывешено ни одного старого русского флага, эмигрантам-офицерам было запрещено стоять в почетном карауле в мундирах и т. д. Друг эмигрантов, латышский генконсул датчанин В. Христиансен вывесил было трехцветный флаг, но мы позвонили в МИД, и флаг был убран…» (Выделено М. Кобецким.) «Смерть старухи, — заканчивал свое сообщение Кобецкий, — несомненно, будет способствовать дальнейшему разложению местной белой колонии. Большинство газет по поводу похорон писало, проливая слезы умиления, что это похороны старой России».
Императрица была захоронена в Роскилльском соборе в капелле Фредерика V, рядом с могилами ее родителей — короля Кристиана IX и королевы Луизы.
В 1939 году саркофаг с телом императрицы Марии Федоровны был перенесен в капеллу Кристиана IX (капеллу Глюксбургской династии), а в конце 1958 года его поместили в крипте, расположенной под капеллой, в которой находились могилы ее родителей. Здесь Мария Федоровна покоилась на протяжении сорока восьми лет.
В те дни была решена и судьба великих святынь — Десницы святого Иоанна Крестителя и частицы Древа Животворящего Креста Господня, с которыми в течение многих веков были связаны драматические судьбы людей и целых народов. После смерти императрицы Марии Федоровны ее дочери — великие княгини Ксения и Ольга Александровны передали святыни митрополиту Антонию (Храповицкому). Затем святыни были перевезены в Сербию. Их принял сербский король Александр, сестра которого была замужем за племянником Николая II. В настоящее время великие святыни хранятся в Черногории в Цетиньском монастыре.
В 2006 году, в год перезахоронения праха императрицы Марии Федоровны в петербургском соборе Святых Петра и Павла, великие святыни по благословению Патриарха Алексия II были привезены в Россию, где им смогли поклониться тысячи православных верующих.
Русский поэт Павел Булыгин, служивший в отряде охраны императрицы Марии Федоровны в Крыму и в 1918 году помогавший следователю Н. Соколову вести расследование дела об убийстве российского императора Николая II и его семьи, в 1920 году написал стихотворение, посвященное императрице Марии Федоровне.