16 октября останки императрицы были перевезены в Русскую церковь на Бредгаде. Из воспоминаний P. А. Лопатиной, 20-летней эмигрантки из России, присутствовавшей на ночном богослужении в храме: «Печальное и торжественное состояние и чувство исторического момента. Гроб был открыт. Я читала „Часослов“, стояла и смотрела на Марию Федоровну. Она лежала — маленькая бледная старушка. Волосы седые, зачесаны гладко. Лежала, как будто заснула от усталости. Руки сложены на груди, длинные рукава — видимо, ночная рубашка. Около горла — рюши. Сверху покрыта всем белым. Так императрица лежала три дня».
Маленький гроб стоял на низком помосте посреди церкви. Он был покрыт датским государственным флагом и Андреевским флагом. Великая княгиня Мария Павловна (младшая) вспоминала: «Не было почетного караула, корон, гербов, все чрезвычайно скромно. Цветов, однако, было такое множество, словно церковь готовили к венчанию. Не уместившись на помосте, они обложили его кругом пышной пестрой грядой». Венки от правительств Франции, Англии, Бельгии, Японии, Китая и Бразилии были торжественно возложены у гроба и развешаны на стенах. Для совершения чина погребения по православному обычаю из Парижа прибыл управляющий русскими приходами в Западной Европе митрополит Евлогий. Три дня шло прощание. Три дня был неиссякаемый людской поток. Дважды в день в храме Благоверного Александра Невского проходили службы.
19 октября в 10 часов в храме началась литургия, которую служил митрополит Евлогий. На отпевании были граждане Российской империи, вынужденные покинуть свою родину, многие из них прежде принадлежали к царскому двору, входили в свиту императрицы и сотрудничали с императрицей на ниве благотворительности. Все были в черных костюмах, дамы — в черных вуалях. В церковном зале стояли великие княгини Ксения и Ольга со своими мужьями — великим князем Александром Михайловичем и полковником Николаем Александровичем Куликовским, великий князь Кирилл Владимирович, великая княгиня Мария Павловна, ее брат великий князь Дмитрий Павлович с женой, княгиня Татьяна Константиновна и ее братья — князья Георгий и Гавриил Константиновичи; присутствовали также четверо сыновей Ксении — князья Федор, Андрей, Никита и Василий, и сыновья Ольги — Тихон и Гурий; приехали из Франции князь Феликс Юсупов с женой Ириной, внучкой Марии Федоровны. Это были остатки большой семьи Романовых, которым удалось вырваться из России. Среди приближенных императрицы были князь Долгорукий, княгиня Вяземская, адмирал Римский-Корсаков с супругой, а также приехавшие из Европы представители старых русских фамилий и дипломатического корпуса и сенаторы. «Русский храм вновь вместил блистательное собрание: мундиры на мужчинах, — российские ордена Святой Екатерины, возложенные на них самим царем. За десять лет изгнания мы впервые присутствовали на церемонии, в мельчайших подробностях воскрешавшей прошлое, впервые — и в последний раз. Уже никогда не будет случая надеть эти ордена и медали», — вспоминала великая княгиня Мария Павловна.
После отпевания митрополит Евлогий дал отпущение грехов и прочитал молитву за поминовение души усопшей императрицы. В карауле стояли офицеры датской армии и русские офицеры в штатском. Две фрейлины императрицы и два ее казака — Ящик и Поляков заключали караул. Королевские гвардейцы, оркестр и эскадрон королевских гусар замерли в ожидании у храма.
Ровно в 13 часов прибыли король Кристиан X, племянник императрицы, члены королевского дома, младшая сестра Марии Федоровны принцесса Тюра и брат покойной принц Вальдемар, а также другие родственники, представляющие королевские дома Европы: норвежский король Хокон, бельгийский принц Альберт, английские принцы Эдуард и Георг. У входа в храм их встречал великий князь Кирилл Владимирович. Служба продолжалась под звуки музыки и пение хора.
В 13.45 был подан траурный катафалк. Белый гроб с телом императрицы торжественно вынесли из храма, и траурная колесница, запряженная четырьмя лошадьми под черными попонами, под звуки похоронного марша медленно двинулась по улице Бредгаде к станции Естепорт. Процессию возглавляли служители русской церкви в сопровождении эскорта датской гусарской гвардии с обнаженными саблями. Все улицы были запружены народом, провожавшим в последний путь датскую принцессу Дагмар, русскую императрицу Марию Федоровну. Непрерывно звучала канонада: был произведен 121 траурный залп. Как писал великий князь Александр Михайлович: «В последний раз в своей жизни и в первый раз после революции Мария Федоровна оказалась во главе столь блестящей процессии… Со своей смертью она обрела то, что потеряла в тот день, когда ее сын отрекся от престола, — свое почетное место».