Действительно, через шесть недель после цареубийства погромы еврейских заведений, как пишет исследователь Ю. Гессен, «внезапно с громадной эпидемической силой охватили обширную территорию. Действительно… сказались черты стихийного характера».
В мае во время встречи с депутацией видных столичных евреев во главе с бароном Г. Гинцбургом Александр III заявил, что «в преступных беспорядках на юге России евреи служат только предлогом, что это дело рук анархистов». Аналогичные заявления последовали и от брата Александра III великого князя Владимира Александровича. Он сказал барону Г. Гинцбургу: «Беспорядки, как теперь обнаружено правительством, имеют своим источником не возбуждение исключительно против евреев, а стремление к произведению смут вообще».
И. С. Тургенев, опубликовавший во французском журнале статью, в которой дал характеристику молодому императору, писал: «Что касается нигилистов, которые предполагают, что император из страха может пойти на весьма большие уступки, даже на конституцию, то они жестоко ошибаются, совершенно не учитывая его характер и энергию. Их попытки запугать могут только остановить его на том пути к либерализму, куда ведет его природная склонность; если он сделает несколько шагов в этом направлении, это будет вовсе не потому, что они его запугивают, а несмотря на то, что они угрожают ему…»
После похорон Александра II императорская семья переехала в Гатчину. 29 марта (10 апреля) 1881 года Мария Федоровна в письме своей матери сообщала: «На следующий день после отъезда в Данию брата Фреди, сестры Александры, которые присутствовали на похоронах Александра II, семья отправилась в Гатчину. Сначала это было для меня просто невыносимо. Но теперь, когда мы здесь уже достаточно мило и уютно устроились, я начинаю находить Гатчину намного привлекательней, чем раньше. Здесь очень спокойно. После отъезда Фреди и Аликс Аничков стал ведь совсем пустым.
Но первый день, когда мы прибыли сюда, был ужасен. Ремонтные работы еще не были окончены, так как у рабочих не было времени привести все в порядок. Они работали во всех помещениях, было холодно и отвратительно.
Малышей мне пришлось оставить, так как маленький был простужен и его нельзя было выносить из дома. Мне стоило много сил и переживаний, чтобы покинуть любимый, уютный дом в Аничкове и отправиться в середине зимы в этот огромный, пустой и необжитой дворец. Но я старалась скрыть слезы, так как бедный Саша с таким нетерпением хотел уехать прочь из города, который был ему просто ненавистен после всего ужаса и горя, которые он там испытал».
2 (14) апреля в письме матери Мария Федоровна продолжала описывать подробности их новой жизни в Гатчине:
«Мальчиков мы никогда не пускаем гулять одних. Они всегда ходят в нашем сопровождении, и мы пытаемся оградить их от всего горестного и неприятного, чтобы они не чувствовали то давящее время, в котором мы теперь живем, так как это может пагубно отразиться на них, так как первые детские жизненные впечатления всегда очень сильны.
Ники часто с интересом спрашивает, как прошло слушание дела в суде. Обо всем этом и о том, что эти шесть подлецов должны быть повешены, мы ему рассказали. Не сказали только точный день, когда это произойдет, чтобы он не думал об этом слишком много. Но это должно произойти 3(14) апреля на Семеновской площади. Приняты усиленные меры безопасности, чтобы народ не набросился на преступников, которые в подобном случае могут быть разорваны на куски…»
29 марта после трехдневного заседания суда Особого присутствия Правительствующего сената на основании статей Уложения о наказаниях судьи вынесли приговор. Согласно ему Андрей Желябов, Софья Перовская, Николай Кибальчич, Тимофей Михайлов и Николай Рысаков были приговорены к смертной казни через повешение. Г. Гельфман, еще одной подсудимой, смертная казнь была отложена из-за беременности. Казнь состоялась 3 апреля 1881 года на Семеновском плацу.