В ведении учреждений императрицы Марии находились учебные заведения, воспитательные дома, приюты для обездоленных и беззащитных детей, богадельни. Немалые средства на их содержание вкладывала царская семья. Благотворительные учреждения императрицы Марии были созданы практически во всех крупных городах Российской империи: Москве, Санкт-Петербурге, Ярославле, Пскове, Петрозаводске, Вологде, Владимирской и Тамбовской губерниях, Орле, Нижнем Новгороде, Риге, Ковно, Новочеркасске, Симбирске, Саратове, Томске и многих других крупных городах. В Москве и Московской губернии их насчитывалось не менее десяти, в Санкт-Петербурге и его окрестностях — более семнадцати. Среди них были: Общество попечения о детях лиц, ссылаемых по судебным приговорам в Сибирь; Братолюбивое общество по снабжению неимущих квартирами; приют для неизлечимых больных; Александро-Мариинский дом призрения; Благотворительное общество при Обуховской больнице; Мариинский институт для слепых девочек и Институт взрослых слепых девиц; Мариинский родовспомогательный дом и находящаяся при нем школа повивальных бабок; Свято-Троицкая община сестер милосердия; Орловское губернское попечительство для пособия нуждающимся семействам воинов; Детский приют Симбирского общества христианского милосердия; Елизаветинский дом призрения детей бедных жителей; мужской приют для сирот, оставшихся после павших воинов; Дом призрения детей бедных граждан города Коломны и другие.
Архивы сохранили множество адресов, присланных на имя Марии Федоровны различными благотворительными обществами. В одном из них, направленном императрице руководством лечебницы для хронически больных детей города Гатчины, говорилось: «С того времени Ваше Величество милосердною ласкою Вашею неоднократно согревали обреченных на страдания бедных малюток, не утешаемых постоянною заботливостью родных матерей, и ныне соизволили принять лечебницу под Августейшее Свое покровительство!.. Общество лечебницы для хронически больных детей чувствует во Всемилостивейшем покровительстве Вашем высокую нравственную силу, направляющую и уясняющую его деятельность. Ободренное в своих трудах, осчастливленное Августейшим к нему вниманием, Общество берет на себя смелость повергнуть к стопам Вашего Императорского Величества чувства беспредельной своей благодарности».
В другом адресе, присланном императрице по поводу рождения цесаревича Обществом попечения о детях лиц, ссылаемых по судебным приговорам в Сибирь, говорилось: «Нежное сердце матери расположило Вас в святой иконе преподать благословение детям, которые примером собственных их родителей могли быть совращены на путь погибели и к которым Ваше благословение будет путеводною звездою к жизни и спасению…»
Огромное количество прошений самых разных лиц, граждан Российской империи, сохранили архивы России. Среди них самые разные обращения: просьбы о получении бесплатных мест в различного рода училищах и иных местах, о получении стипендий и пенсий, о разрешении судебных тяжб и облегчении судеб осужденных.
С 1899 года в личном бюджете императрицы появилась специальная статья под названием «Для раздачи ежемесячно по прошениям, поступающим на имя Вашего Императорского Величества». Сумма, выделенная по этой статье, равнялась девяти тысячам рублей — по 750 рублей в месяц.
Мария Федоровна была попечительницей многих монастырей, в частности женского Иоанно-Предтеченского монастыря в Томске. При монастыре работала общеобразовательная школа для девочек, золотошвейная и золототкацкая мастерские, продукция которых пользовалась большим спросом, также при монастыре был открыт приют трудолюбия, где содержались на всем готовом, обучались грамоте и приобретали трудовую профессию 55 безродных девочек. Благодаря заботам Марии Федоровны Томский женский монастырь стал самым богатым женским монастырем Сибири.
Среди учебных заведений, находившихся в Ведомстве учреждений императрицы Марии Федоровны, были 32 женских института с семилетним обучением, 30 гимназий, прогимназий и педагогических курсов, низшие училища, к числу которых относились и Мариинские женские училища, возникшие «при сердечном участии и личному почину Государыни Императрицы и в ее честь названные „Мариинскими“». В этих училищах с четырехлетним обучением занимались малообеспеченные девушки-горожанки. Это была промежуточная ступень между начальными школами и средними учебными заведениями. Здесь готовили учительниц иностранных языков, делопроизводителей, бухгалтеров.
Сфера благотворительности в Российской империи достигла в этот период расцвета и стала выражением гражданского самосознания. Авторитет Марии Федоровны, ее деятельности на почве благотворительности привлекали к ней широкий круг российских благотворителей и филантропов.