Мария отправила собственного врача лечить Дарнли, прекрасно осознавая, что на западе усиливается соперничавшее с ее собственной властью могущество Ленноксов. Провост Глазго Уильям Хейгейт привез ей известия о заговоре Дарнли, ставившем целью захватить принца Якова и провозгласить себя регентом, отправив Марию в тюрьму. Поэтому королеве было выгоднее держать Дарнли в Эдинбурге под постоянным надзором. В сопровождении Босуэлла и Хантли она отправилась в Глазго. Подобный эскорт был необходим, ведь Дарнли, находившийся теперь в наследственных землях Ленноксов, мог попытаться совершить переворот. Понимая, что присутствие графов в Глазго может быть истолковано как враждебное действие, лорды проводили королеву до Крейгмиллара, а последний этап путешествия был проделан под охраной Шательро, поскольку владения клана Хэмилтонов располагались неподалеку. Мария взяла с собой и собственную охрану — алебардщиков.
В Глазго Марию встретил слуга Дарнли Томас Крауфорд и сказал ей, что граф Леннокс опасается встречаться с королевой лично после «резких слов», произнесенных в Стирлинге. Мария ответила, что «против страха нет лекарства». Она и Дарнли встретились 25 января. Дарнли был прикован к постели, а при приближении к нему чувствовалась отвратительная вонь. Маска из тафты прикрывала его лицо, от которого отвалились куски сгнившей плоти, от носа почти ничего не осталось. Он смиренно молил Марию: «Я все еще очень молод (мне всего двадцать лет), и вы готовы сказать, что уже много раз меня прощали. Но разве человек моего возраста не может при отсутствии доброго совета, а его я полностью лишен, пасть дважды или трижды, но затем покаяться и обрести мудрость в своем опыте?.. Я не хочу ничего другого, кроме как жить с вами как муж с женой». Мария допросила его относительно обвинений Хейгейта, и Дарнли ответил, что узнал о некоем соглашении, заключенном в Крейгмилларе, и боится, что его зарежут во сне. Мария проигнорировала эти слова и обещала, что, когда он оправится от болезни, они снова станут «делить стол и постель», а она лично будет делать ему сероводородные ванны, когда они поселятся в Крейгмилларе. В конце концов тщеславие Дарнли одержало победу над здравым смыслом, и он согласился на предложение Марии. Позднее в частной беседе Крауфорд сказал ему, что теперь он будет не свободным человеком, а скорее пленником.
Дарнли прибыл в Эдинбург 31 января после длительной поездки, в ходе которой его везли на конных носилках. Он немедленно начал жаловаться, что Крейгмиллар находится слишком далеко от столицы — расстояние составляло три мили, — а в Холируде было слишком сыро. Босуэлл тут же предложил превосходный выход из положения: дом на Кирк-о-Филд был свободен и Дарнли мог поселиться там. Король, знавший, что у Шательро есть дом в окрестностях Кирк-о-Филд, решил, что его поселят именно в нем, и сразу согласился. Его предположение оказалось неверным. Дом, о котором шла речь, принадлежал Роберту Балфуру, брату сэра Джеймса Балфура, который составил Крейгмилларское соглашение. Дом служил Босуэллу, а сам Роберт Балфур разместился в соседнем доме. Смотрителем дома был Хёпберн из Болтона, родственник Босуэлла, и, разместив Дарнли и свиту, он немедленно сделал дубликаты всех четырнадцати ключей от дома и покоев. Дарнли легкомысленно оказался во власти Босуэлла, так что появилась возможность приступить к последней части заговора.
События следующих нескольких дней исследовались и обсуждались так часто, как ни одно другое историческое событие, за исключением, может быть, убийства президента США Кеннеди в 1963 году. Не существует беспристрастных показаний, а все свидетели, многие из которых заговорили только под пыткой, были полны решимости избегать упоминаний о каком-либо личном соучастии.