7 октября в Йорке встретились три комиссии; их члены поклялись говорить только правду, и каждая сторона продемонстрировала глубокое недоверие к двум другим. В первый день, 8 октября, представители Марии официально изложили дело, а два дня спустя Морей потребовал гарантии того, что, если Марию признают виновной, ее «передадут в наши руки», заявив, что без такой гарантии не может продолжать участвовать в разбирательстве. Пока Норфолк размышлял об этой странной просьбе, от Леннокса прибыло обвинительное заключение. Оно объединяло в себе фантазии Бьюкенена и измышления самого Леннокса. Как пишет Джон Хосак в своем труде «Мария, королева Шотландии, и ее обвинители», «английские представители не слишком впечатлялись тирадами Леннокса; им требовались более убедительные улики, и они их получили».
11 октября Летингтон, Бьюкенен и Джеймс Макгилл встретились с членами комиссии, не известив об этом представителей Марии. Макгилл был клерком, заведовавшим регистром Тайного совета, его описывали как «искусного крючкотвора и толкователя закона». Эта группа представила комиссии разнообразные подписанные ими соглашения, «очищавшие» Босуэлла от обвинения в убийстве, соглашение из Таверны Айнсли об оказании ему поддержки, а также документ, выражавший согласие лордов на его брак с королевой. Они утверждали, что все эти соглашения были заключены под угрозой применения силы со стороны Босуэлла и его двухсот аркебузиров. Поскольку Босуэлл был «очищен» от обвинения в измене в связи с похищением королевы, они утверждали, что по закону он также оправдался и в отношении меньших преступлений, включая убийство Дарнли. Этот фантастический пример юридической игры с логикой — «политика, подобающая отвратительному факту [убийства]» — получил продолжение, когда шотландская сторона открыла свою козырную карту: представители показали членам елизаветинской комиссии «письма из ларца».
Этот акт был недействительным в глазах закона, и ни один суд не допустил бы письма к рассмотрению в качестве улик.
Письма находились «в небольшой шкатулке из позолоченного серебра, подаренной ею Босуэллу», но не было никаких доказательств, связывавших их с Марией или с Босуэллом. Членам комиссии не предложили никакого способа верифицировать письма. Их не видели ни Мария, ни ее представители; у них не было возможности ни подтвердить, ни опровергнуть ее авторство. Не было проведено сравнения с известными образцами ее почерка. Норфолк, устанавливавший правила работы комиссии по ходу дела, прочел письма и пришел в ужас, обнаружив «незаконную страсть между ней и Босуэллом, а также то, что она испытывала отвращение к мужу, который затем был убит, и гнушалась им». Затем письма были снова заперты в шкатулку.
Столь ужаснувшие Норфолка «письма из ларца» являлись объектом многолетних споров и темой ряда книг. Они включают в себя письма и прочие документы, которые Мария предположительно послала Босуэллу, и он держал их в знаменитом серебряном ларце, попавшем в руки Мортона 19 июня 1567 года. Впоследствии они находились в собственности Морея. Оригиналов больше не существует, они исчезли в 1584 году, а улики, основанные на переведенных с французского копиях, весьма сомнительны.
В первом письме, известном как короткое письмо из Глазго и, как все прочие документы, недатированном и неподписанном, автор, предположительно Мария, сообщает Босуэллу, что везет Дарнли в Крейгмиллар. Это теплое и подробное письмо, в котором она делится хорошими новостями о здоровье младенца Якова, но жалуется на боль в боку. Мария, должно быть, написала его в Стирлинге, а приписка в конце документа: «Глазго, утро субботы» — представляет собой позднейшее добавление, призванное придать правдоподобие тому, что почти точно было подлинным документом.
Однако второе письмо — длинное письмо из Глазго — совсем другое дело. Оно повествует о визите, нанесенном Марией Дарнли в январе 1567 года, перед тем как он поехал в Крейгмиллар, и стиль его варьируется от прозаического: «Я думала, вонь из его рта убьет меня» до влюбленного: «Да простит меня Господь, и да соединит он нас навсегда». Хотя такое разнообразие допустимо для влюбленной корреспондентки, прочие письма Марии обычно коротки и деловиты, насколько это возможно. Документ выглядит как подлинное письмо Марии, «пересыпанное» интерполяциями со страстными признаниями, чтобы создать впечатление ее виновности. Она предстает разочарованной в Дарнли и влюбленной в Босуэлла, но в этом нет свидетельства ни самого прелюбодеяния, ни даже намерения его совершить. Это письмо — явная подделка, причем в качестве связующих звеньев использовались подлинные фрагменты.