В мае Мария опять заболела. Ей прописали пилюли от разлития желчи, однако она «несколько раз впадала в конвульсии» и ее мучила рвота; у нее случился новый приступ болезни, от которой она страдала в Джедбурге. Но на следующий день она достаточно оправилась, чтобы в одиннадцать часов вечера наброситься на Шрусбери со слезами и жалобами на то, что одного из ее слуг, Джорджа Бартли, задержали в Бервике.
Как всегда практичная Елизавета прислала для лечения Марии двух докторов — Калдуэлла и Фрэнсиса, и та ухватилась за возможность поблагодарить кузину через них, уверяя, что «ни одно лекарство не помогает ей лучше, чем это утешение в несчастье», то есть неизменная любовь Елизаветы. Шрусбери писал, что Мария «молилась о том, чтобы понять истинное расположение и намерения Елизаветы и чтобы Ему было угодно позволить ей увидеть английскую королеву: здесь на глаза ее навернулись слезы». Даже попустительствовавший ей Шрусбери уже успел усвоить тот факт, что эпические потоки слез были неизбежным приложением к действиям Марии.
Доктора указали, что в комнате, соседствовавшей со спальней Марии, даже в комфортабельном Уингфилде «стоял неприятный и очень сильный запах, вредный для ее здоровья», поэтому Шрусбери устроил переезд Марии во дворец Бесс в Чатсуорте, в восьми милях, так что Уингфилд можно было «очистить». Пребывание Марии в Чатсуорте было кратким, в конце того же месяца она вернулась обратно в Уингфилд.
Мария по-прежнему просила о помощи Францию и Испанию, а письмо Филиппа II своему послу в Лондоне дает представление о диких планах, которые она строила: «Королева Шотландии не имеет власти над своим сыном, чтобы отправить его к испанскому двору для воспитания». Не предлагала ли Мария отправить Якова в Испанию как символ своей доброй воли, в то время как Альба, генерал Филиппа II в Нидерландах, вторгся бы в Англию? Все узники быстро теряют реальное представление о мире за пределами их тюрьмы, и им представляется вполне возможным то, что на самом деле является лишь их фантазиями.
28 июля 1569 года Морей созвал представительное собрание в Перте, где обсуждались предложения Елизаветы по восстановлению Марии на престоле, они были отвергнуты большинством в сорок голосов против девяти. Мария должна была оставаться в Англии, и Елизавете надлежало самой найти способ решить эту проблему. Шрусбери страдал от приступа подагры, в то же время бедняга получил суровый нагоняй от Елизаветы за то, что посмел покинуть Уингфилд и отправился на лечебные воды в Бакстон. Граф оставил Марию на попечении непобедимой Бесс, указав, что его дом в Уингфилде, где обитали 240 человек, «источает нездоровый запах». Он предложил перевести Марию в Шеффилд, где у него было два дома, и, соответственно, ее легко можно было бы перемещать из одного в другой без необходимости отправлять через полстраны длинные караваны. Елизавета настаивала на том, чтобы Шрусбери лично присматривал за своей узницей: 14 августа ему отказали в разрешении посетить воды в Бакстоне в качестве лечебной меры против подагры, а 29 августа Марию «без всяких церемоний, собиравших толпы чужаков», перевезли в Шеффилд. Она стала камнем на шее Джорджа Тэлбота.
За пять дней до того, однако, Мария писала «своему Норфолку», что отказывается выполнить его просьбу и приказывать ему, поскольку охотнее выказала бы ему покорность жены. Выходили памфлеты, высказывавшие различные мнения относительно их брака. «Рассуждение о предполагаемом браке между герцогом Норфолком и королевой Шотландии», например, утверждало: «Безопасность нашей правительницы зависит от брака между герцогом Норфолком и королевой Шотландской, в противном случае брак с иностранным государем может так усилить ее, что наша государыня окажется не в состоянии сопротивляться ей, а это весьма опасно, учитывая ее высокомерие. Если она изменит вере, никакие мольбы не помогут, лекарством станет меч». Считалось, что трактат был написан «неким проповедником Сэмпсоном».
Джон Лесли, епископ Росский, вступил в публичную полемику, издав памфлет «Защита чести королевы Марии». Печатник Александр Харви утверждал, что памфлет был плодом совместного творчества епископа, Херриса и Бойда. В нем утверждалось, что Мария — законная наследница Елизаветы, что она не имела никакого отношения к убийству Дарнли и, самое удивительное, что члены комиссии были убеждены в ее полной невиновности и вине Морея и его сторонников: «Я говорю фи! фи! в ответ на дерзость этих злонамеренных изменников… Дворяне Англии, назначенные выслушать и оценить все обстоятельства, вменяемые в вину королеве мятежниками, не только сочли ее невиновной в смерти мужа, но поняли, что сами обвинители замыслили и исполнили это преступление».