Мария успела удалиться к себе прежде, чем пришли неизбежные слезы, но Рэндолф сообщал: «Мистер Нокс говорил с королевой в четверг. Он столь сильно поразил ее сердце, что заставил плакать». Она не могла понять, почему Нокс столь суров, ведь она не пыталась навязать своему народу католичество. Мария начала с прямого обвинения Нокса в разжигании смуты и использовании некромантии. Она вряд ли могла поддержать подобные обвинения, но прослышав о том, каким сильным полемистом является Нокс, решила атаковать с самого начала. Нокс был вежлив, даже подобострастен, и приводил доводы, основываясь на полной убежденности в истинности протестантизма. Разгромленная, Мария то сердилась, то разыгрывала «маленькую потерявшуюся девочку». Ее вера с рождения была частью ее жизни, тогда как Нокс отрекся от римской церкви в результате внутреннего конфликта, дававшего ему суровость новообращенного. Поэтому Нокс не мог поверить, что простота Марии была искренней: «Или мое суждение неверно, или же ее разум горд и полон уловок, а сердце воспламенено против Бога и Его истины». Его суждение было неверно, потому что он не мог поверить, что не все являются религиозными фанатиками того же розлива, что и он сам. Фанатики видят только веру или ересь, политики везде видят заговоры и интриги, любовники в каждом действии видят привязанность или предательство, и никто из них не в состоянии представить общее пространство мира и стабильности. Мария не была фанатичкой, не блистала умом, необходимым политику, и любила только физические упражнения и спокойное созерцание красоты. В своем детальном исследовании «Благочестивый реформатор, нечестивый монарх» доктор Дженни Вормальд говорит: «Мария видела в нем (Ноксе) не посланника небес, а скорее сильный раздражитель, огромную жужжащую муху — препятствие».
6 сентября были обнародованы имена членов Тайного совета Марии. Двенадцать имен были вполне ожидаемыми: герцог Шательро, графы Арран, Хантли, Аргайл, Босуэлл, Эррол[47]
, Атолл[48], Мортон, Монтроз и Гленкайрн, а также лорд Джеймс Стюарт и Джон Эрскин, лорд Кит. По требованию совета в заседании участвовал также граф-маршал[49], а Мейтленд из Летингтона как секретарь королевы присутствовал там постоянно. В число Совета двенадцати входили семь лордов-протестантов, все они были союзниками лордов конгрегации, которые в качестве всемогущего подготовительного комитета раньше диктовали политику рабски подчинявшемуся им парламенту. Шесть из них постоянно находились при дворе, и совет заседал ежедневно с восьми до десяти утра, а днем с часа до четырех.Тайный совет не раз формировали и раньше, обычно в качестве временной меры на период частых регентств, но теперь ситуация была необычной. Совет сформировался, основываясь на наследственных правах знати, и был признан парламентом 1560 года, хотя, строго говоря, сам этот парламент, не созванный монархом, был незаконным. Но хотя Мария и была несомненной правящей королевой, она не могла преуменьшить наследственные права своих дворян. Она присоединилась к уже существовавшему правительству, возглавив его. Шотландский историк Джулиан Гудейр описывает это как начало «корпоративного управления».